Instytucja przedawnienia zakłada, że podatnik, który nie zapłacił podatku, po upływie określonego czasu nie jest już obowiązany do uregulowania zaległości. Dzięki temu podatnik może być pewny, że błąd z przeszłości nie spowoduje konieczności zapłaty podatku np. po kilkudziesięciu latach.

W art. 3 ust. 1 pkt 4 ustawy o PCC (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 101, poz. 649 z późn. zm.), wyznaczono jednak specyficzny sposób powstawania obowiązku podatkowego, który w praktyce powoduje, że konieczność uiszczenia podatku może się nigdy nie przedawnić.

Zgodnie z tym przepisem, jeżeli podatnik nie złożył odnośnie do jakiejś czynności cywilnoprawnej, objętej PCC, deklaracji PCC-3 w terminie 5 lat od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku, a powołuje się on na dokonanie tej czynności przed organem podatkowym lub kontroli skarbowej – obowiązek podatkowy powstaje w chwili powołania się na tę czynność.

Obowiązek podatkowy dla takiej czynności może więc powstać aż dwa razy. Pierwszy raz w momencie dokonania danej czynności (na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 1 – 3 ustawy o PCC) i drugi raz w przypadku gdy podatnik powoła się na tę czynność przed organem. Ten „drugi” obowiązek podatkowy powstanie bez względu na to, ile czasu minęło od dokonania tej czynności i przedawnienia się obowiązku zapłaty od niej PCC. Wyrokiem z 19 czerwca 2012 r. (sygn. akt P 41/10) Trybunał Konstytucyjny uznał wskazane przepisy i stworzony przez nie sposób uniknięcia przedawnienia zobowiązań podatkowych w PCC za zgodne z Konstytucją RP.

Jedynym pocieszeniem pozostaje to, że przy powstaniu drugiego obowiązku podatkowego nie zostaną nam naliczone odsetki za zaległość podatkową od daty dokonania takiej czynności.