Osoba kwestionująca zasadność pobrania podatku przez płatnika albo jego wysokość może zwrócić się o stwierdzenie i zwrot nadpłaty. Uprawnienie to przysługuje również płatnikom. Ordynacja podatkowa nie uzależnia wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty przez płatnika od żadnych dodatkowych warunków.

Niestety na skutek uchwały NSA z 22 czerwca 2011 r. (sygn. akt I GPS 1/11) dotyczącej akcyzy wśród organów podatkowych dominuje pogląd, że możliwość stwierdzenia nadpłaty istnieje tylko wobec tych podmiotów, których majątek uległ uszczupleniu w wyniku uiszczenia podatku u źródła nienależnie lub w wysokości wyższej od należnej. Istotą podatku u źródła jest natomiast to, że potrąca się go z kwoty należnej na rzecz kontrahenta zagranicznego i dokonuje na jego rzecz wypłaty kwoty netto. W klasycznej sytuacji to podatnik (podmiot zagraniczny) ponosi zatem ekonomiczny ciężar podatku. Wykorzystując powyższe, organy w przypadku inicjowania postępowania o stwierdzenie nadpłaty przez płatników żądają wskazania, kto poniósł ciężar ekonomiczny podatku u źródła, i odmawiają stwierdzenia nadpłaty.

W przypadku płatności na rzecz podmiotów zagranicznych z oczywistych względów o wiele łatwiej jest wystąpić o stwierdzenie nadpłaty przez podmiot polski. Nie ma wówczas bariery językowej, szybszy jest przepływ korespondencji.

Inną sprawą jest to, że w przypadku otrzymania nadpłaty przez płatnika ten ostatni i tak powinien dokonać rozliczenia z podatnikiem. W przeciwnym razie po jego stronie powstanie nienależne przysporzenie.

Reasumując, mimo że formalnie nie ma przeszkód, aby z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty występował płatnik, to znacznie większe szanse na pozytywne (i o wiele szybsze) rozpatrzenie ma wniosek złożony przez podatnika.