Niewątpliwie podatnicy mogą osiągać korzyści, wykorzystując w swojej działalności spółkę komandytowo-akcyjną. W często spotykanej na rynku sytuacji, w której spółka prowadzi głównie działalność operacyjną i osiąga przychody, prostym rozwiązaniem jest jej przekształcenie w spółkę komandytowo-akcyjną. Pozwala to na odroczenie w czasie momentu opodatkowania dochodu (do czasu dystrybucji dochodów akcjonariuszom).

Sytuacja komplikuje się, gdy spółka, poza działalnością operacyjną, osiąga dochody z posiadanych udziałów lub akcji w innych spółkach kapitałowych, polskich lub zagranicznych, a akcjonariuszami takiej spółki są osoby prawne. Wątpliwości budzi możliwość skorzystania przez spółkę holdingową, zorganizowaną w formie spółki komandytowo-akcyjnej, ze zwolnienia z CIT dla otrzymywanych dywidend.

Zgodnie z art. 22 ust. 4 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) dywidendy wypłacane do udziałowca (spółki holdingowej) są zwolnione z podatku, pod warunkiem że otrzymującym jest spółka podlegająca opodatkowaniu i posiadająca nieprzerwanie przez okres dwóch lat bezpośrednio nie mniej niż 10 proc. udziałów (akcji) w kapitale spółki wypłacającej dywidendę. Spółki komandytowo-akcyjne są natomiast podatkowo transparentne. Powstaje pytanie, czy w przypadku wypłaty dywidendy przez spółkę zależną od spółki komandytowo-akcyjnej, można uznać, że akcjonariusze tej drugiej posiadają bezpośrednio wymaganą liczbę udziałów spółki, wypłacającej dywidendę.

Niespełnienie tego warunku uniemożliwia skorzystanie przez spółki kapitałowe, będące akcjonariuszami spółki komandytowo-akcyjnej, ze zwolnienia z podatku od dywidend.

Podmiot wypłacający dywidendę jest więc obowiązany pobrać podatek już w momencie płatności na rzecz spółki komandytowo-akcyjnej. Oznacza to, że w określonych sytuacjach forma spółki komandytowo-akcyjnej może wręcz zaszkodzić.