Zdarza się, że nie cała wartość przedmiotu aportu wnoszona jest na kapitał zakładowy spółki. Część może zostać przeznaczona na kapitał zapasowy. Różnica stanowi tzw. agio. W zależności od tego, czy aport z agio wnosi osoba fizyczna, czy spółka kapitałowa, wystąpić mogą różne skutki podatkowe, choć przepisy art. 17 ust. 1 pkt 9 i ust. 2 ustawy o PIT oraz art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy o CIT wydają się być pod tym względem analogiczne. Określają one przychód w wysokości nominalnej wartości objętych udziałów lub akcji i nakazują odpowiednie stosowanie przepisów odnoszących się do odpłatnego zbycia rzeczy lub praw, przewidujących możliwość szacowania przychodu przez organy podatkowe.

Zdaniem podatników przekazujących aport z agio przepisy te nie dają podstaw do szacowania wartości. Przez pewien czas minister finansów zgadzał się z tym stanowiskiem, lecz potem kolejne ośrodki wydawania interpretacji zmieniły linię. W odniesieniu do różnych grup podatników zapadły odmienne wyroki sądów.

W przypadku osób fizycznych NSA zgodził się z podatnikami i wskazał, że organy podatkowe nie mogą na gruncie ustawy o PIT szacować przychodu wnoszącego aport, gdy nominalna wartość otrzymanych w wyniku wniesienia udziałów lub akcji spółki kapitałowej odbiega od jego wartości rynkowej (np. wyrok z 5 maja 2011 r., sygn. akt II FSK 2186/09).

Niestety dla osób prawnych NSA podzielił stanowisko ministra finansów na gruncie ustawy o CIT. W wyroku z 30 maja 2012 r. (sygn. akt II FSK 883/11) NSA potwierdził, że w odniesieniu do osób prawnych organy podatkowe są uprawnione do weryfikacji nominalnej wartości aportu, wniesionego w zamian za objęcie udziałów w spółce kapitałowej, jeżeli wartość ta bez uzasadnionej przyczyny odbiega od wartości rynkowej przedmiotu aportu.