Fakturę korygującą wystawia się także w przypadku pomyłek w jakiejkolwiek pozycji pierwotnie wystawionej faktury. Są jednak wątpliwości, czy możliwość ta dotyczy także faktury, z którą ustawodawca wiąże określone sankcje. Artykuł 108 ust. 1 ustawy o VAT przewiduje, że w przypadku faktury, w której wystawca wykazał kwotę podatku, mimo braku takiego obowiązku wystawca ma obowiązek zapłaty tak wykazanego podatku. Przepis ten oparty jest na art. 203 dyrektywy 112, który przewiduje, że każda osoba wykazująca VAT na fakturze jest zobowiązana do jego zapłaty. Nie oznacza to, że mimo ewidentnie sankcyjnego charakteru tej regulacji tak wystawiona faktura przestaje być fakturą. W konsekwencji mają w stosunku do niej zastosowanie przepisy dotyczące wystawiania faktur korygujących. Jeżeli więc podatnik wystawi fakturę z błędnie ujętą kwotą podatku, to może ją skorygować.

Możliwość taka potwierdzona została także w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości UE. W orzeczeniu w sprawie C-454/98 trybunał stwierdził, że jeżeli podmiot wystawiający fakturę we właściwym czasie całkowicie usunął możliwość jakiegokolwiek uszczuplenia należności podatkowych, może on wyeliminować taką fakturę z obrotu prawnego. Zatem jeżeli na skutek wystawienia faktury z nienależnie wykazaną kwotą podatku Skarb Państwa nie poniósł straty, wówczas podmiot wystawiający taką fakturę może ją wyeliminować z obrotu prawnego. Kwestie techniczne trybunał pozostawia regulacjom wewnętrznym państw członkowskich. Skoro polskie regulacje przewidują, że właściwa w takim przypadku jest faktura korygująca, w związku z tym nie powinno być wątpliwości, że ta forma skorygowania faktury, a w konsekwencji pierwotnego rozliczenia, powinna mieć zastosowanie w przypadku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.