Przepisy ustaw o podatku dochodowym nie wskazują, w jaki sposób wydatki powinny być udokumentowane. Najczęstszym dowodem występującym w profesjonalnym obrocie gospodarczym, potwierdzającym zakup towaru lub usługi jest faktura VAT. W praktyce pojawiły się wątpliwości, czy można uznać za koszt uzyskania przychodów wydatki, które zostały udokumentowane fakturą, w treści której jako sprzedawca figurował podmiot nieistniejący. W sprawie podatnika, którego problem dotyczył, organy podatkowe uznały, że takie faktury, stanowiące podstawę zapisów w podatkowej księdze przychodów i rozchodów, nie spełniają wymogu rzetelności, a tym samym wyłączyły wydatki z kosztów uzyskania przychodów.

Problem trafił na wokandę NSA, który w wyroku z 27 lipca 2011 r. (sygn. akt II FSK 1682/10) stwierdził, że gdy poniesienie wydatku udokumentowanego nierzetelną fakturą jest potwierdzone innymi, niebudzącymi wątpliwości dowodami, a wszelkie inne dane dotyczące transakcji odpowiadają rzeczywistości, to wydatek może zostać uznany za koszt podatkowy. Sąd uznał, że jeżeli obliczenie dochodu było możliwe na podstawie posiadanej dokumentacji, to organ podatkowy nie miał podstaw do jego kwestionowania, skoro pozostałe zapisy dotyczące przychodów i kosztów uzyskania przychodów były prawidłowe. NSA podkreślił, że organ podatkowy powinien odstąpić od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie tej podstawy. Jeżeli istnieją dowody na potwierdzenie dokonania faktycznych zdarzeń gospodarczych, to należy uznać, że mają one wpływ na ustalenie podstawy opodatkowania.