Przed zmianą ustawy wskazywano na to, że przepis ten jako niezgody z dyrektywą VAT nie może stanowić podstawy do ograniczenia prawa do odliczenia VAT. Twierdzenia te potwierdził niedawny wyrok NSA z 15 kwietnia 2011 r. (sygn. akt I FSK 646/10). Sprawa dotyczyła spółki, która zamierzała wnieść do spółki osobowej środek trwały w postaci nieruchomości zabudowanych, od których nabycia bądź wytworzenia odliczała wcześniej podatek naliczony. Nieruchomości zostały nabyte lub wybudowane w latach 1992 – 2007 i oddane do użytkowania jako środki trwałe bezpośrednio po zakupie bądź wybudowaniu. Spółka zwróciła się z wnioskiem o interpretację, w którym zapytała, czy dokonując aportu w postaci nieruchomości zabudowanych w terminie do 31 marca 2009 r., powstał po jej stronie obowiązek korygowania podatku naliczonego, który spółka odliczyła przy nabyciu (wytworzeniu) wskazanych składników majątkowych.

Organ podatkowy uznał, że tak, ale zarówno WSA, jak i później NSA nie pozostawiły wątpliwości w tej kwestii. Oba sądy uznały, że wprowadzenia zwolnienia dla aportów, które jest jedynie kontynuacją historycznego zwolnienia istniejącego w poprzednich regulacjach o VAT, które nie jest objęte zwolnieniem przewidzianym w dyrektywie VAT, stanowi naruszenie przepisów unijnych. W konsekwencji sądy stanęły na stanowisku, że o ile czynność aportu jest czynnością opodatkowaną, to podatnikowi winno przysługiwać prawo do odliczenia podatku naliczonego, co wynika z art. 168 Dyrektywy 2006/112/WE, a tym samym nie ma konieczności dokonania korekty (potrącenia) podatku naliczonego zgodnie z art. 91 ust. 7 ustawy o VAT. Co ciekawe, wyrok ten może mieć istotne znaczenie dla wszystkich, którzy wnosili aporty po 1 maja 2004 r., gdyż w mojej ocenie do spraw tych nie mogą mieć zastosowania przepisy o przedawnieniu zobowiązań podatkowych.