Wątpliwością jest stosowanie zwolnienia w przypadku opodatkowania nieodpłatnie świadczonych usług medycznych na rzecz pracowników. Od 1 stycznia zwolnienie usług medycznych ma charakter przedmiotowo-podmiotowy. Zwolnieniu podlegają usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia wykonywane przez zakłady opieki zdrowotnej. Innymi słowy, abstrahując od zakresu przedmiotowego zwolnienia, wprowadzony został warunek wykonywania takich usług przez ZOZ-y (obok równolegle funkcjonującego zwolnienia dla usług wykonywanych m.in. przez lekarzy).

Wydaje się, że wprowadzenie kryterium podmiotowego nie powinno pozbawiać prawa do stosowania zwolnienia przy świadczeniu tych usług na rzecz pracowników.

Ustawodawca posłużył się terminem „wykonywanych” przez ZOZ-y. Dla celów określenia czynności opodatkowanej wpisano pojęcie „świadczenia” usług, a nie ich „wykonywanie”. Stosując zasady interpretacyjne, należy dojść do wniosku, że w tym zakresie kryterium podmiotowe dotyczy nie osoby „świadczącej” usługę dla celów VAT (podatnika), lecz podmiotu faktycznie wykonującego usługę. Ponieważ usługi w ramach „pakietów medycznych” wykonywane są przez ZOZ-y, to usługi te powinny korzystać ze zwolnienia nawet jeśli z punktu widzenia VAT byłyby świadczone przez „pośredników”.

Wydaje się, że wprowadzenie kryterium podmiotowego było de facto doprecyzowaniem zakresu przedmiotowego. Innymi słowy chodzi o zwolnienie z VAT wyłączenie takich usług dotyczących ochrony zdrowia, które wykonywane są w ramach oficjalnej wiedzy medycznej przez ZOZ-y, a nie przeróżne podmioty leczące metodami niekonwencjonalnymi.

Można wreszcie twierdzić, że w przypadku pakietów medycznych usługi nabywane są przez podatnika bezpośrednio na rzecz pracowników, co dodatkowo wskazuje, że wykonywanie tych usług dotyczy odbiorców końcowych.