Podatnik (politechnika) realizuje projekt w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka.

W związku z tym poniesie m.in. koszty związane z zakupem sprzętu i aparatury, które po zakończeniu projektu będą wykorzystywane do: czynności zwolnionych (dydaktyka), niepodlegających opodatkowaniu VAT (m.in. nieodpłatne badania naukowe) i podlegających opodatkowaniu tym podatkiem (odpłatne prace zlecone przez przedsiębiorców). Wyjaśniła też, że nie wie, w jakiej części zakupy wykorzysta do działalności nieopodatkowanej. Chciała wiedzieć, czy będzie mogła odliczyć podatek naliczony.

Minister finansów w zaskarżonej interpretacji indywidualnej uznał, że prawo do odliczenia przysługuje jedynie w części, w jakiej nabywany sprzęt i aparatura mogą być wykorzystywane do działalności opodatkowanej. Jeśli podatnik nie jest w stanie określić, jaką część zakupów wykorzysta do działalności nieopodatkowanej, to nie ma w ogóle prawa do odliczenia podatku od tej części.

Ważne
W przypadku odliczenia VAT można brać pod uwagę tylko takie transakcje, które w ogóle objęte są jego zakresem przedmiotowym.

Sąd nie zgodził się z ministrem. Powołał się m.in. na uchwałę NSA z 24 października 2011 r. (sygn. akt I FPS 9/10), zgodnie z którą czynności niepodlegające opodatkowaniu nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego, ustalanego zgodnie z proporcją wynikającą z art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.

Sąd wskazał też, że czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia, to w praktyce czynności zwolnione od podatku. W przypadku odliczenia VAT można brać pod uwagę tylko takie transakcje, które w ogóle objęte są jego zakresem przedmiotowym. Oznacza to, że podatnik, który wykonuje wyłącznie czynności opodatkowane oraz czynności niepodlegające podatkowi, nie ma obowiązku stosowania odliczenia częściowego, a więc ustalanego za pomocą proporcji, określonej w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.

WSA, odnosząc się do sytuacji skarżącej, orzekł więc, że skoro zakupy dotyczą trzech rodzajów czynności (opodatkowanych, zwolnionych, niepodlegających VAT), a skarżąca nie jest w stanie określić, jakiej części nie wykorzysta do prowadzonej działalności gospodarczej (czyli jaką część zakupów wykorzysta do działalności nieopodatkowanej), to tę część należy rozliczać zgodnie z proporcją ustaloną dla czynności opodatkowanych i zwolnionych.

A zatem proporcję, ustaloną na podstawie art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT, należy odnieść do całości podatku naliczonego wynikającego z zakupów. Wyrok jest nieprawomocny.

ORZECZNICTWO
Wyrok WSA w Białymstoku z 26 września 2012 r., sygn. akt I SA/Bk 245/12.