Sprawa, jaką zajął się Naczelny Sąd Administracyjny, miała dość ciekawy przebieg. Naczelnik urzędu skarbowego odmówił najpierw spółce stwierdzenia nadpłaty w VAT wynikającej ze złożonych przez spółkę korekt deklaracji. Postanowienie organów podatkowych zostało podtrzymane również przez wojewódzki sąd administracyjny (wyrok sądu stał się prawomocny), bowiem wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektami deklaracji wpłynął po upływie terminu.

Jednak po zakończeniu sporu spółki z fiskusem na konto spółki została przelana kwota, która odpowiadała kwotom zobowiązań podatkowych wykazanych w pierwotnych deklaracjach VAT-7 spółki. Urząd wystąpił do spółki z pismem o zwrot nienależnie (pomyłkowo) przekazanych kwot. Spółka, odpowiadając na pismo, stwierdziła, że otrzymane kwoty potraktowała jako kwoty nadpłat przyznane spółce z urzędu. Według spółki organ nie kwestionował istnienia nadpłaty, a jedynie to, że spółka nie mogła skutecznie złożyć wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Sprawa została rozpatrzona najpierw w postępowaniu cywilnym, ale sąd okręgowy stwierdził, że nie ma podstaw do uznania wypłaty dokonanej w procedurze podatkowej za nienależne świadczenie uregulowane w kodeksie cywilnym (jako bezpodstawne wzbogacenie). Zdaniem sądu dokonany zwrot podatku może być jedynie przedmiotem postępowania administracyjnego. Organ wszczął więc postępowanie wobec spółki o zaległość podatkową. Sprawa trafiła więc do sądów administracyjnych, które przyznały rację spółce.

Sędzia NSA Janusz Zubrzycki podkreślił, że podatnik nie może ponosić negatywnych konsekwencji działań organu podatkowego. W tej sprawie nie było jego żadnej winy, a więc nie można stwierdzić, że nienależnie przelany zwrot podatku stanowi zaległość podatkową. Wyrok jest prawomocny.

Wyrok NSA z 27 października 2011 r., sygn. akt I FSK 1680/10