Po sporach trwających od kilku lat (z różnym natężeniem w różnych okresach) dotyczących podmiotowości fiskalnej w VAT gminnych jednostek budżetowych w 2015 r. nadeszło rozwiązanie. Stało się to za sprawą wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z 29 września 2015 r. (sygn. C-276/14).
W wyniku jednoznacznego rozstrzygnięcia zawartego w takim orzeczeniu nikt obecnie nie może mieć wątpliwości co do tego, że podmioty takie nie mogą być samodzielnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Choć wyrok TSUE dotyczy gminnych jednostek budżetowych, to Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów stwierdził, że takiego statusu nie mogą mieć również samorządowe zakłady budżetowe (uchwała z 26 października 2015 r., sygn. akt I FPS 4/15).
Spory na ten temat się zakończyły. Pojawiła się za to nowa dyskusja na temat scalenia podatkowego w VAT jednostek samorządu z ich jednostkami i zakładami budżetowymi. Rządzący szybko zapowiedzieli napisanie specustawy normującej zagadnienie scalenia podatkowego i jego konsekwencji. Ten akt prawny został uchwalony 5 września tego roku, zgodnie z nim termin scalenia gmin z ich jednostkami i zakładami budżetowymi, wbrew wcześniejszym zapowiedziom, został wydłużony do końca roku.
Następujące rozwiązania specustawy są dość korzystne dla podatnika:
1) możliwość przejściowego (do końca 2018 r.) stosowania przez poszczególne jednostki swoich dotychczasowych kas rejestrujących (jeżeli powstał u nich wcześniej taki obowiązek),
2) zachowanie przez poszczególne jednostki – mimo scalenia w 2016 r. (jeżeli miało miejsce) – posiadanego wcześniej prawa do stosowania zwolnienia od obowiązku stosowania kas rejestrujących do końca roku,
3) stosowanie do końca 2017 r. odrębnych proporcji dla każdej jednostki,
4) potwierdzenie wcześniejszego prawa do zwolnień poszczególnych jednostek gminnych ze względu na wartości ich sprzedaży i ustalenie, że było one skuteczne aż do dokonania scalenia.
Teza o samodzielności gminnych jednostek budżetowych została obalona przez TSUE. Fiskus skapitulował? Wprost przeciwnie, wiele rozstrzygnięć specustawy działa ewidentnie na korzyść Skarbu Państwa. Oprócz powyższych rozwiązań prawodawca wprowadził mniej atrakcyjne dla podatników mechanizmy rozliczania podatku naliczonego, w szczególności uwzględniające kwalifikowalność VAT przy finansowaniu środkami z dotacji.
Przedwczesny okazał się entuzjazm przedstawicieli niektórych jednostek samorządu, którzy wiązali z wyrokiem TSUE duże nadzieje i liczyli na znaczny zastrzyk finansowy dla ich gminy. Jaki jest bowiem warunek podstawowy odzyskania VAT od zakupów finansowanych środkami z dotacji i uznanego za koszt kwalifikowany (zarówno w bieżącym odliczeniu, jak i poprzez korektę)? Zwrot środków uzyskanych w ramach pomocy, i to przed wejściem w życie przepisów specustawy (w zakresie korekty).
Nie sposób oprzeć się wrażeniu, że motywem przewodnim prac ustawodawcy było zabezpieczenie Skarbu Państwa przed korektami rozliczeń w VAT, o które mogłyby wystąpić gminy w wyniku omawianego orzeczenia TSUE. Specustawa wręcz zniechęca do podejmowania takich kroków. Należy jednak przyznać, że w tej materii przyszło prawodawcy zmierzyć się z trudnym zadaniem.
Gmina, która zdecyduje się na korektę i odzyskanie nieodliczanego przez jednostki VAT, musi o tym poinformować organ, uzasadnić korektę, przedłożyć organowi wykaz wszystkich jednostek wraz z ich pełną podatkową identyfikacją, a także oświadczenie dotyczące powiązania jej z korzystaniem (lub nie) ze środków europejskich. Co więcej, korekty dokonywane w takim trybie muszą dotyczyć wszystkich jednostek i każdego okresu nieobjętego przedawnieniem sprzed scalenia. Korekty takie nie tylko mogą dotyczyć wyłącznie podatku naliczonego (jak chciałyby jednostki samorządowe), lecz także części rozliczenia dotyczącej sprzedaży (czyli wyłącza się zasadę ochrony wcześniejszego zwolnienia). Gminy zdają sobie sprawę z tego, że te spośród nich, które skorzystają z takiej opcji, będą na cenzurowanym.
Prawodawca zdobył się jednak na pewne ustępstwo. Korekty wszystkich deklaracji nie muszą być złożone jednorazowo, przy czym wówczas podatnik musi wskazać, w jakim terminie skoryguje niezmieniane jeszcze deklaracje.
Jednostka samorządu, która nie skoryguje wcześniejszych rozliczeń (i nie zrobiła tego wcześniej), nie jest zobligowana do zwrotu VAT, który pierwotnie był sklasyfikowany jako koszt kwalifikowany w ramach finansowania unijnego. Podatnicy, którzy odzyskali VAT poprzez korektę dokonaną przed wejściem w życie specustawy, muszą jednak niezwłocznego oddać odpowiednią część dotacji (przypadającej na odzyskany VAT), i to wraz z odsetkami, takimi jak od zaległości podatkowych.
