Problemy dotyczą opodatkowania wypłacanych do Szwajcarii m.in. należności licencyjnych. Wątpliwości powstają na tle pkt 3 protokołu zawartego jednocześnie z umową, która została podpisana 2 września 1991 r. Modyfikuje on zasady stosowania art. 12 ust. 2 tej umowy dotyczącego opodatkowania należności licencyjnych. Protokół przewiduje, że dopóki Szwajcaria (zgodnie z jej wewnętrznym prawem) nie pobiera u źródła podatku z tytułu należności licencyjnych wypłacanych osobom niebędącym jej rezydentami, to od tych należności nie będzie pobierany ten podatek w żadnym z obu państw. Będą one podlegały opodatkowaniu wyłącznie w kraju, w którym podatnik ma miejsce zamieszkania lub siedzibę.

Polskie Ministerstwo Finansów wydawało co roku wyjaśnienia adresowane do podległych mu organów. Wskazywało w nich, że podatkowe władze Szwajcarii poinformowały MF, iż w danym roku kalendarzowym kraj ten nie pobiera podatku u źródła od należności licencyjnych wypłacanych na rzecz nierezydentów. Również w styczniu 2013 r. resort finansów wydał takie wyjaśnienie.

20 kwietnia 2010 r. podpisany został jednak dodatkowy protokół do umowy z 1991 r. Zgodnie z nim szczególny przepis, który pozwalał na zwolnienie wypłacanych do Szwajcarii należności licencyjnych, przestał obowiązywać 1 lipca 2013 r. W konsekwencji zwolnieniu z podatku u źródła w Polsce podlegały tylko należności licencyjne wypłacone do 30 czerwca 2013 r. Z kolei te, które wypłacono później, są już opodatkowane u źródła w Polsce – w wysokości 10 proc. kwoty brutto, czyli zgodnie z art. 12 ust. 2 umowy, o ile nie zachodzą przesłanki pełnego zwolnienia z podatku u źródła na podstawie art. 21 ust. 3-8 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.).