Zmiany w projekcie wpisują się ponadto w działania mające na celu eliminowanie najbardziej rażących przejawów tzw. agresywnej optymalizacji podatkowej prowadzonej z wykorzystaniem schematów międzynarodowych (fikcyjne zaliczenie podatku pobieranego za granicą, wprowadzanie do zawieranych lub negocjowanych umów o unikaniu podwójnego opodatkowania klauzul zapobiegających tworzeniu sztucznych struktur lub podejmowaniu transakcji w celu skorzystania z preferencji wynikających z ww. umów).

Przewidziano włączenie spółek komandytowych (SK) i komandytowo-akcyjnych (SKA) w zakres przepisów ustawy o CIT. Do tej pory dochody tych spółek (nieposiadających osobowości prawnej) nie podlegały opodatkowaniu na poziomie spółki. Opodatkowany był jedynie dochód wspólników ww. spółek. Zmiana w systemie opodatkowania oznacza, że spółki te będą – podobnie jak to ma miejsce w innych krajach – płatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych.
Konsekwencją nadania SKA podmiotowości w zakresie podatku CIT jest wprowadzenie dwóch poziomów opodatkowania dochodu wypracowanego przez SKA, podobnie jak w przypadku pozostałych spółek-podatników podatku CIT, czyli spółki z ograniczoną odpowiedzialnością i spółki akcyjnej:
- wspólnicy SKA (akcjonariusz i komplementariusz) będą opodatkowani od faktycznie uzyskanego przez nich dochodu uzyskanego z uczestnictwa w zysku spółki,
- w przypadku wypłaty zysku na rzecz komplementariusza – będzie on miał prawo do odliczenia od podatku naliczonego od wypłat z zysku kwoty podatku zapłaconego przez SKA od własnych dochodów w części, w jakiej zapłacony przez SKA podatek ekonomicznie obniżał wypłacony mu zysk spółki.

Oznacza to, że żaden z nich nie będzie opodatkowany „na bieżąco” z tytułu prowadzonej przez SKA działalności gospodarczej.

Nowe przepisy przewidują także przyznanie podmiotowości prawno-podatkowej spółce komandytowej, co oznacza, że sytuacja jej wspólników zostanie zrównana z sytuacją wspólników SKA. Opodatkowanie komandytariusza będzie tożsame z akcjonariuszem, a komplementariusza będzie podlegać regułom dotyczącym komplementariuszy w SKA. Takie rozwiązania wpłyną na większą spójność systemu podatkowego i będą realizacją zasady równości wobec prawa podmiotów znajdujących się w porównywalnej sytuacji.