W obrocie dość popularne jest zawieranie umów, które przewidują, że wypłata umówionej kwoty przez wspólnika nastąpi w terminie późniejszym niż data podpisania samej umowy pożyczki. Po zmianach w przepisach dotyczących podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. z 2005 r. nr 41, poz. 399 z późn. zm.) powstaje wątpliwość, jak traktować takie przypadki. Artykuł 4 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o zmianie ustawy o podatku od spadków i darowizn oraz ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych przewiduje, że do czynności cywilnoprawnych, z tytułu których obowiązek podatkowy powstał przed 1 stycznia 2007 r., stosuje się przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2006 r. Jak stwierdził Sławomir Łuczak, radca prawny z kancelarii Sołtysiński, Kawecki i Szlęzak, ustalenie, która z regulacji prawnych powinna znaleźć zastosowanie do czynności dokonanych na przełomie 2006 i 2007 roku, zostało uzależnione od daty powstania obowiązku podatkowego. Obowiązek ten powstaje z chwilą dokonania czynności cywilnoprawnej. W przypadku umowy pożyczki będzie to chwila jej zawarcia. W ocenie mecenasa Łuczaka nie jest zatem istotne, kiedy środki objęte pożyczką zostały przekazane pożyczkobiorcy. Problem jednak w tym, że umowy takie do końca 2006 roku były zwolnione z podatku. – Nowe przepisy nadal uznają chwilę dokonania czynności cywilnoprawnej za datę powstania obowiązku podatkowego – twierdzi Sławomir Łuczak.
 PRZYKŁAD: POŻYCZKA BEZ OPŁAT Wspólnik spółki zawarł z nią umowę pożyczki 20 grudnia 2006 r., z zastrzeżeniem, że środki będą wypłacone w terminie późniejszym, jednak nie dłużej niż do końca czerwca 2007 r. Spółka chce to zrobić w marcu i w maju. W tym przypadku nie trzeba zapłacić podatku od czynności cywilnoprawnych, ponieważ umowę zawarto w ubiegłym roku, a więc pożyczka jest zwolniona z podatku. Gdyby wspólnik podpisał umowę o pożyczkę w 2006 roku, a teraz strony zechciałyby aneksem zwiększyć kwotę pożyczki, trzeba będzie od tego zapłacić podatek – 0,5 proc. Obowiązek podatkowy od zmiany umowy pożyczki poprzez zwiększenie jej kwoty powstaje bowiem w dacie zawarcia aneksu.
W efekcie obowiązek podatkowy od umów pożyczek zawartych przed 1 stycznia 2007 r. nie powstał też po wejściu w życie nowych przepisów. Trudno więc sobie wyobrazić, aby organy podatkowe mogły skutecznie twierdzić, że umowy pożyczki zawarte przez spółkę kapitałową działającą jako pożyczkobiorca i wspólnika pożyczkodawcę przed 1 stycznia 2007 r. podlegały podatkowi od czynności cywilnoprawnych według nowych zasad, tj. w wysokości 0,5 proc.