Ustawy o podatkach dochodowych wyłączają z kosztów uzyskania przychodów kary umowne i odszkodowania z tytułu: wad dostarczonych towarów lub wykonanych robót i usług oraz zwłoki w dostarczeniu towaru wolnego od wad (albo zwłoki w usunięciu wad towarów, robót i usług). Tego rodzaju kary umowne nie mogą więc stanowić kosztów uzyskania przychodów, nawet jeśli ich zapłacenie byłoby dla przedsiębiorcy bardziej opłacalne niż zgodne z umową spełnienie świadczenia.

Liczne rodzaje kar umownych nie zostały objęte powyższym wyłączeniem. Przykładowo kosztem nie może być kara zapłacona za zwłokę w dostarczeniu towaru wolnego od wad, ale może nim być kara za zwłokę w wykonaniu usługi. Nie została również objęta wyłączeniem kara umowna z tytułu odstąpienia od umowy, co powoduje, że czasem korzystniejsze jest odstąpienie od umowy dostarczenia towaru niż dostarczenie towaru po terminie.

W takich przypadkach możliwość zaliczenia kary umownej do kosztów uzyskania przychodów uzależniona jest od spełnienia ogólnych warunków, tj. poniesienia wydatku w celu zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodów. Jeśli więc podatnik udowodni, że zapłata kary umownej niewyłączonej wprost z kosztów uzyskania przychodów była dla niego bardziej opłacalna, kara ta powinna podlegać zaliczeniu do kosztów.

Potwierdził to NSA w wyroku z 3 października 2012 r. (sygn. II FSK 2597/11), w którym dopuścił zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów kary umownej z tytułu odstąpienia od wykonania zobowiązania sprzedaży udziałów w spółkach, które po zawarciu umowy znacznie zyskały na wartości. NSA uznał, że zapłata kary umownej jako alternatywa dla istotniejszej wartościowo i jakościowo odpowiedzialności odszkodowawczej również może stanowić działanie w celu zabezpieczenia źródła przychodów, t.j. utrzymania tego źródła w stanie nienarażonym na poważniejsze uszczuplenia.