Sąd rozpatrywał sprawę firmy z branży paliwowej (III SA/Wa 2077/11). Podatnik był pośrednikiem i tłumaczył w sądzie, że paliwo jest dostarczane i odbierane z jednego punktu. Sprzedawcami i kupującymi są producenci paliw oraz pośrednicy. Paliwo kupuje się od różnych dostawców, a ci wystawiają faktury. Następnie można je z zyskiem sprzedać i odliczyć VAT. Problem pojawił się, gdy kontrola wykryła, że faktura była wystawiona przez podmiot, który nie istniał. Organ kontroli zakwestionował więc prawo do odliczenia VAT z tej faktury. Skarżący wyjaśnił, że dopiero po kontroli sprawdził kontrahenta: czy zarejestrował działalność gospodarczą i jest czynnym podatnikiem VAT. Bronił się, powołując się na orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości UE. W sprawach C-439/04 i C-440/04 trybunał zwracał uwagę, że w szczególnych sytuacjach podatnik, który sprzedał towar, ale miał pustą fakturę, mógł z niej odliczyć VAT. Chodzi o sytuację, gdy podatnik działał w łańcuchu dostaw, czyli towar przechodził przez kilku dostawców, a jeden z nich był nieuczciwy. Jeśli podatnik uczciwy nie wiedział, że wcześniejsza transakcja była trefna, a sprzedał towar, to będzie mógł odliczyć VAT. Podobnie prawo do odliczenia VAT będzie przysługiwało temu, który został przez nieuczciwego sprzedawcę oszukany.

Sądy zwracają uwagę, że podatnik musi dowieść, że zachował należytą staranność. W powyższej sprawie skarżący sprawdził kontrahenta za późno, już po kontroli podatkowej. Ponadto nie zrobił kopii dokumentów, które twierdzi, że widział: zarejestrowania działalności gospodarczej, deklaracji VAT i in. Sąd orzekł, że nie dochował należytej staranności, nie może więc odliczyć podatku.

Wniosek: jeśli podatnicy nie chcą być pozbawieni prawa do odliczenia VAT, muszą sprawdzić firmy, z którymi współpracują, i zrobić kopie dokumentów, które będą mogli pokazać organom podatkowym podczas kontroli lub postępowania podatkowego.