Jednak od otrzymania pierwotnej interpretacji i zmiany może upłynąć trochę czasu. Ponadto tryb postępowania organów podatkowych przy doręczeniu zmienionej interpretacji podatnikowi czy jego pełnomocnikowi może mieć dla podatników istotne znaczenie, w szczególności jeśli chodzi o obowiązywanie pierwotnej i zmienionej interpretacji.

Jak przypomina Andrzej Ossowski, adwokat prowadzący Kancelarię A. Ossowski, z art. 137 par. 3 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) wynika, że pełnomocnik dołącza do akt oryginał lub urzędowo poświadczony odpis pełnomocnictwa. Pełnomocnictwo udzielone przez podatnika obejmuje więc co do zasady konkretną sprawę.

Minister finansów na wydanie interpretacji indywidualnej ma trzy miesiące od momentu otrzymania wniosku podatnika. Na jej zmianę nie ma ograniczeń czasowych

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 stycznia 2012 r. (sygn. akt II FSK 1242/10, prawomocny) uznał, że w przypadku gdy podatnik działa przez pełnomocnika, indywidualną interpretację prawa podatkowego, w tym interpretację zmienioną, doręcza się pełnomocnikowi uprawnionemu do działania w określonym postępowaniu interpretacyjnym. Jeżeli więc pełnomocnictwo nie obejmuje czynności ministra dotyczących zmiany interpretacji, to zmieniona interpretacja powinna być doręczona zainteresowanemu, nie zaś pełnomocnikowi ustanowionemu w innym postępowaniu.

Oznacza to, że jeśli zmieniona interpretacja nie została doręczona zainteresowanemu, lecz na adres pełnomocnika, który w sprawie o zmianę interpretacji indywidualnej nie był pełnomocnikiem, to zmieniona interpretacja nie weszła do obrotu prawnego i obowiązuje pierwotna. Podatnik, któremu zmieniona interpretacja nie została doręczona, może przecież nie mieć możliwości zastosowania się do niej.