Zdaniem Ministerstwa Finansów próba skrócenia terminu zwrotu miałaby bezpośrednie skutki budżetowe polegające na przesunięciu dochodów w czasie. W praktyce oznaczałoby to, że w pierwszym roku funkcjonowania takiej zmiany dochody z VAT byłyby znacznie niższe. Poza tym taka zmiana mogłaby wywołać również pośrednio negatywne skutki budżetowe wynikające ze zwiększenia prób wyłudzenia VAT. Aparat skarbowy w odniesieniu do wszystkich podatników występujących o zwrot miałby bowiem krótszy termin na zweryfikowanie zasadności zwrotu żądanych kwot.

Resort wyjaśnił, że podatek od towarów i usług jest rozliczany metodą memoriałową, gdzie podstawą do pomniejszeń są kwoty wykazane w dokumentach sprzedaży (fakturach VAT).

Taka konstrukcja sprawia, że jest to podatek podatny na różnego rodzaju nadużycia, szczególnie w systemie zwrotów VAT. Dlatego zawsze trzeba mieć na uwadze, aby wprowadzane rozwiązania w tym podatku nie przyczyniały się do powstania nadużyć, a co za tym idzie, uszczuplenia wpływów budżetowych.

Podstawowy termin zwrotu wynosi 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez przedsiębiorcę, który rozlicza ten podatek. Termin ten może być przedłużony przez naczelnika urzędu skarbowego w przypadku uznania, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania.

W przypadku wydłużenia terminu zwrotu VAT urząd skarbowy na wniosek podatnika dokonuje zwrotu, jeżeli wraz z wnioskiem zostanie złożone zabezpieczenie majątkowe

Ministerstwo Finansów podkreśliło jednak, że jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, podatnikowi wypłacana jest należna kwota wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

Resort wskazał również, że przepisy przewidują możliwość uzyskania zwrotu różnicy podatku w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia. Rozwiązanie to dotyczy podatników, którzy rzetelnie uregulowali swoje zobowiązania wobec kontrahentów. Przepisy podatkowe umożliwiają zatem podatnikom wcześniejsze otrzymanie należnych kwot.