Opublikowany przez MF projekt ustawy okołobudżetowej przewiduje zmiany w ustawie o finansach publicznych oraz w nowelizacji tej ustawy. Zakładały one, że od 2012 r. wszystkie rachunki bankowe należące do agencji płatniczych będą przeniesione z Narodowego Banku Polskiego do Banku Gospodarstwa Krajowego. Mimo że nowelizacja ustawy o finansach publicznych zaczęła obowiązywać od 1 stycznia 2011 r., rząd zdecydował o wydłużeniu terminu wejścia w życie omawianych regulacji o rok. Tłumaczył to przyczynami technicznymi i organizacyjnymi.

Obecnie rząd chce wycofać się z tej zmiany i zaproponował odpowiednie regulacje w projekcie kolejnej nowelizacji ustawy o finansach publicznych (zawarta w pakiecie zmian, czyli ustawie okołobudżetowej na 2012 r.). Zmiana dotyczy jednak wyłącznie dwóch agencji płatniczych, czyli Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa oraz Agencji Rynku Rolnego. Będzie to więc wyjątek od reguły. O wprowadzenie tego wyjątku wnioskowały NBP oraz same agencje. Twierdziły, że przeniesienie rachunków bankowych tych dwóch agencji byłoby niekorzystne ekonomicznie. Ponadto system obsługi środków europejskich, za który odpowiadają, dobrze funkcjonuje w NBP, więc nie ma potrzeby go zmieniać. W efekcie rząd zaproponował, aby ARMiR oraz ARR mogły same zdecydować, w którym banku będą miały rachunki.

Kolejna zmiana, którą przewiduje ustawa okołobudżetowa, dotyczy lokowania środków europejskich w części dotyczącej Wspólnej Polityki Rolnej. Podobnie jak w przypadku zmiany rachunków NBP na BGK jest to wyjątek od zasady obowiązkowego lokowania środków w krótkoterminowym depozycie u ministra finansów. Z uzasadnienia ustawy okołobudżetowej wynika, że wolne środki europejskie w części dotyczącej polityki rolnej mogą być lokowane w depozycie, ale nie muszą. Agencje płatnicze odpowiedzialne za te środki będą mogły więc lokować wolne środki w bankach komercyjnych.