Funkcjonowanie spółdzielni mieszkaniowych wiąże się m.in. z tworzeniem funduszu na remonty zasobów mieszkaniowych. Odpisy na ten fundusz obciążają koszty gospodarki zasobami mieszkaniowymi. Wynika to z art. 6 ust. 3 ustawy o spółdzielniach mieszkaniowych (Dz.U. z 2003 r., nr 119, poz. 1116 z późn. zm.). Spółdzielnie są przy tym podatnikami podatku dochodowego od osób prawnych.

Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 9 lit. a) ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) podatnicy nie mogą ujmować w kosztach uzyskania przychodów odpisów i wpłat na różnego rodzaju fundusze tworzone przez podatnika.

Jednocześnie jednak ten sam przepis określa, że kosztem są podstawowe odpisy i wpłaty na te fundusze, jeżeli obowiązek lub możliwość ich tworzenia w ciężar kosztów określają odrębne ustawy.

Przepis ten jest przedmiotem sporów podatników z fiskusem. Organy podatkowe w interpretacjach podatkowych uważają, że odpisy na fundusz na remonty zasobów mieszkaniowych, obciążające koszty gospodarki zasobami mieszkaniowymi, o których mowa w art. 6 ust. 3 ustawy o spółdzielniach mieszkaniowych, dokonane od lokali użytkowych, nie stanowią kosztów podatkowych. Organy podatkowe opierając się na potocznym rozumieniu pojęcia zasobów mieszkaniowych, uznają, że lokale użytkowe, nie są lokalami, w których się mieszka. Tym samym lokale te nie stanowią zasobów mieszkaniowych spółdzielni.

Problem ten z korzyścią dla podatników rozstrzygnął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w wyroku z 13 lipca 2011 r. (sygn. akt I Sa/Wa 213/11, nieprawomocny). Sąd uznał, że wywodzenie zakresu odpisów na fundusz remontowy zasobów mieszkaniowych w aspekcie zaliczenia ich do kosztów wymaga uwzględnienia unormowań całej ustawy o spółdzielniach mieszkaniowych, a nie jedynie jego potocznej nazwy (zasobów mieszkaniowych). Z art. 2 ust. 1 ustawy o spółdzielniach wynika, że lokalem jest samodzielny lokal mieszkalny, a także lokal o innym przeznaczeniu (użytkowy).

Również zdaniem Jacka Budziszewskiego, doradcy podatkowy w Instytucie Studiów Podatkowych, nie należy popierać stanowiska fiskusa. W jego ocenie dla prawidłowego zastosowania przepisów ustawy o CIT należy się opierać na całokształcie ustawy o spółdzielniach mieszkaniowych (np. art. 1 ust.1, art. 2 ust. 1 i innych), a nie tylko na art. 6 ust. 3 i potocznym rozumieniu pojęć w nim zawartych (np. zasoby mieszkaniowe).