Na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) wolne od podatku są dochody podatników, których celem statutowym jest m.in. działalność naukowa, oświatowa, kulturalna, ochrony środowiska – w części przeznaczonej na te cele. Natomiast na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 6c ustawy wolne od podatku są dochody organizacji pożytku publicznego – w części przeznaczonej na działalność statutową, z wyłączeniem działalności gospodarczej.

Oznacza to, że dopiero rozdysponowanie funduszy na cele niemające bezpośredniego związku z funkcjonowaniem fundacji lub stowarzyszenia lub z realizacją celów statutowych będzie skutkować zapłatą podatku.

– Przeznaczenie dochodów na zakup nieruchomości (środka trwałego) na siedzibę stowarzyszenia, a w pozostałym zakresie przeznaczenie jej pod wynajem nie służy bezpośrednio celom statutowym stowarzyszenia – mówi Tomasz Majnusz, ekspert z KPMG w biurze w Krakowie.

Podobna sprawa była przedmiotem rozstrzygnięcia przez WSA w Lublinie. W wyroku z 23 kwietnia 2010 r. (sygn. akt I SA/Lu 84/10, nieprawomocny) sąd orzekł, że wydatkowanie środków na nabycie budynku z przeznaczeniem na nową siedzibę oraz pod najem nie jest tożsame z przeznaczeniem budynku na realizację bezpośrednich celów statutowych stowarzyszenia i z tego powodu nie korzysta ze zwolnienia.