Jeżeli podatnik zapłaci podatek po decyzji organu podatkowego I instancji (np. naczelnika urzędu skarbowego), a następnie upłynie termin przedawnienia tego zobowiązania, to organ II instancji (np. dyrektor izby skarbowej) ma w zasadzie nieograniczony czas na utrzymanie lub uchylenie decyzji organu I instancji. Taki wniosek można wyciągnąć z wyroku WSA w Kielcach (sygn. akt I SA/Ke 128/11).

– Oznacza to, że podatnicy, którzy spierają się z organem podatkowym o wysokość zobowiązania, ale podatek zapłacą (np. w celu uniknięcia wyższych odsetek), tracą możliwość powoływania się na przedawnienie – ocenia Grzegorz Symotiuk, specjalista w Grant Thornton Frąckowiak.

W związku z tym – jak podpowiada ekspert – podatnik, który ocenia, że jego zobowiązanie podatkowe może ulec przedawnieniu, powinien wstrzymać się z zapłatą zaległości podatkowej. Zapłata podatku oznacza, że zobowiązanie podatkowe, pomimo upływu odpowiedniego terminu, nie ulegnie przedawnieniu.

Stanowisko takie jest powszechnie akceptowane w orzecznictwie sądowoadministracyjnym (np. wyrok WSA w Warszawie z 26 listopada 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 1347/08, wyrok WSA w Warszawie z 18 lutego 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 2953/08; wyrok WSA w Gliwicach z 15 czerwca 2009 r., sygn. akt III SA/Gl 1452/08).

Jednokrotne wygaśnięcie

Komentowany wyrok kieleckiego WSA opiera się na uznaniu, że zobowiązanie podatkowe może wygasnąć w jeden ze sposobów określonych w art. 59 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) – w tym przypadku przez zapłatę podatku lub przedawnienie.

– Logicznym skutkiem takiego założenia jest wniosek, jaki wywiódł sąd, że jeśli zobowiązanie wygasło przez zapłatę, to w tej części nie może wygasnąć ze względu na przedawnienie – podkreśla Agnieszka Tałasiewicz, partner w Ernst & Young.

Alicja Sarna, doradca podatkowy w MDDP Doradztwo Podatkowe, zwraca uwagę, że wyrok WSA w Kielcach wpisuje się w utrwaloną linię orzecznictwa. Podkreśla się w nich, że w sytuacji, w której podatnik wpłaci kwotę podatku mniejszą niż faktyczna wysokość zobowiązania podatkowego, to wygaśnięcie zobowiązania następuje jedynie w części – w odniesieniu do kwoty zapłaconej.

– W pozostałym zakresie zobowiązanie podatkowe nadal istnieje i w stosunku do tej części nadal biegnie termin przedawnienia, a więc (co do zasady) termin 5 lat licząc od końca roku podatkowego, w którym upłynął termin płatności podatku – tłumaczy Alicja Sarna.