Spółki mogą się łączyć przez przejęcie albo przez zawiązanie nowej spółki. W każdym przypadku połączenie dochodzi do skutku w dniu jego rejestracji przez sąd. W tym dniu – jak wyjaśnia Magdalena Szeląg-Kępa, doradca podatkowy w firmie doradczej KPMG – zwanym dniem połączenia, spółka przejmowana lub łącząca się przestaje istnieć, a spółka przejmująca czy też nowo zawiązana wstępuje w jej wszystkie prawa i obowiązki – także te podatkowe.

Często spotyka się sytuację, że do spółki przejmującej lub nowo powstałej spływają zakupowe faktury VAT wystawione na spółkę przejmowaną (łączącą się) zarówno przed dniem połączenia, jak i po tej dacie.

– Generalnie VAT naliczony wynikający z tych faktur może odliczyć następca prawny (spółka przejmująca, nowo zawiązana) w tym samym zakresie, w jakim przysługiwałoby poprzednikowi (spółce przejmującej, łączącej się) – stwierdza Magdalena Szeląg-Kępa.

Jednocześnie zastrzega, że ewentualne ograniczenia prawa do odliczenia mogą dotyczyć jedynie przypadków wymienionych w art. 86 i 88 ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2004 r. nr 54, poz. 535 z późn. zm.), np. brak związku zakupu z jakąkolwiek działalnością opodatkowaną, zakup usług gastronomicznych. Przy tym faktury zakupowe przed dniem połączenia powinny być wystawiane na stary podmiot, natomiast po dniu połączenia powinny być wystawiane już na nowy podmiot. Faktury VAT wystawione po dniu połączenia na stary podmiot powinny, więc zostać skorygowane w zakresie danych nabywcy przez wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę lub w drodze wystawienia noty korygującej przez nabywcę (interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 30 czerwca 2010 r., nr IPPP2-443-210/10-4/KG, interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 21 kwietnia 2009 r., nr ITPP2/443-152a/09/RS).

Magdalena Szeląg-Kępa zauważa, że pojawia się także bardziej liberalne podejście, zgodnie z którym prawo do odliczenia przysługuje spółce przejmującej niezależnie od tego, czy skorygowano wady faktur zakupowych w zakresie nabywcy (interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 3 listopada 2009 r., nr ILPP1/443-942/09-2/MT).