Uczelnie wyższe mają wątpliwości co do możliwości odliczenia VAT naliczonego w związku z realizacją projektów badawczo-rozwojowych finansowanych z budżetu państwa. Zarówno prawa do korzystania z tych wyników, jak i zlecone usługi badawczo-rozwojowe są opodatkowane stawką podstawową. Jak wynika z interpelacji poselskiej (nr 19802), w trakcie wykonywania projektów i badań zawsze pośrednio realizowane są również cele uczelni, jakimi są nauka i dydaktyka (wykłady, publikacje, laboratoria itp.), zatem uczelnia w tych przypadkach realizuje cel nieopodatkowany VAT.

Jak poinformowało MF, w opisanym przypadku mogą wystąpić różne stany faktyczne. Gdy realizowany przez uczelnię projekt ma generować wyłącznie sprzedaż (czynności opodatkowane), to uczelnia ma prawo do odliczenia podatku – w całości (gdy projekt realizowany jest w celu sprzedaży, np. praw, i nie służy innym potrzebom, np. edukacyjnym, do których znalazłoby zastosowanie zwolnienie z VAT, i istnieje możliwość przyporządkowania wprost zakupów związanych z tym projektem) lub w części (gdy oprócz przeznaczenia do sprzedaży realizowany projekt ma również cele edukacyjne – czynności opodatkowane i zwolnione).

Natomiast gdy podatnik wykonuje czynności mieszczące się w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o VAT (mogą to być zarówno czynności opodatkowane, jak i zwolnione) oraz wykonuje czynności niepodlegające VAT, należy obliczyć, jaka część obrotu uzyskiwana jest z prowadzonej działalności gospodarczej, a jaka część pochodzi ze źródeł poza tą działalnością. Podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku od zakupów związanych z czynnościami niepodlegającymi VAT.