Faktura wewnętrzna różni się od tradycyjnej faktury VAT tym, że wystawiana jest wyłącznie na wewnętrzne potrzeby podatnika. Przykładem jej zastosowania – jak wskazuje Jerzy Kuprianowicz, konsultant w TPA Horwath – jest transakcja importu usług czy wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Obowiązek opodatkowania tej czynności VAT spoczywa na polskim podatniku będącym usługobiorcą/nabywcą towarów, który zobligowany jest na tę okoliczność do wystawienia faktury wewnętrznej i wykazania należnego na transakcji VAT.

– Obok pomocniczego charakteru faktury wewnętrznej warto jest również wspomnieć o jej materialnym znaczeniu dla podatnika. Przepisy podatkowe nadają fakturze wewnętrznej szczególną rangę odpowiadającą dokumentom zewnętrznym otrzymanym od innych podmiotów – tłumaczy Jerzy Kuprianowicz.

Ekspert dodaje, że to na jej podstawie podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego z tytułu dokonanej czynności wewnątrzwspólnotowej bądź też ewentualnego ujęcia w kosztach uzyskania przychodów należnego podatku wykazanego w związku z nieodpłatnym przekazaniem towarów. Z tego właśnie powodu – jak ostrzega Jerzy Kuprianowicz – wystawiana przez nas faktura wewnętrzna powinna spełniać wszelkie warunki formalne przewidziane dla standardowej faktury VAT. W przeciwnym wypadku organy podatkowe mogą kwestionować możliwość skorzystania z przysługujących na jej podstawie praw.