Zastosowanie się podatnika do interpretacji podatkowej nie zawsze zwalnia go z zapłaty podatku. Dotyczy to sytuacji, gdy skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny będący przedmiotem interpretacji, miały miejsce przed opublikowaniem interpretacji ogólnej lub przed doręczeniem interpretacji indywidualnej. Zdaniem posłów nie można precyzyjnie wskazać, kiedy do takich skutków dochodzi, co rodzi niebezpieczeństwo dla podatników, którzy wystąpili o interpretację indywidualną. Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 15064) poinformowało, że wprowadzenie legalnej definicji skutku podatkowego może spowodować ograniczenie ochrony, w jaką wyposażani są adresaci interpretacji.

Zdaniem MF skutek podatkowy łączyć należy w szczególności z pojęciem obowiązku podatkowego, czyli potencjalnym nakazem zapłaty podatku wynikającym z zaistnienia zdarzenia określonego w ustawach podatkowych. Takim skutkiem będzie również powstanie obowiązku o charakterze instrumentalnym, np. obowiązek złożenia deklaracji lub prowadzenia właściwej ewidencji.

Resort wyjaśnił, że konieczność posłużenia się przez ustawodawcę tak szerokim pojęciem skutku podatkowego wynika ze zróżnicowanego przekroju tematycznego wniosków o interpretację podatkową. Pytania mogą dotyczyć bezpośrednio obowiązku zapłaty podatku lub zagadnień o charakterze procesowym. Wydana interpretacja może także stanowić opinię w zakresie zarówno istnienia, jak i nieistnienia obowiązku podatkowego w danym, opisanym we wniosku, stanie faktycznym lub zdarzeniu przyszłym.