Nowe przepisy, które wprowadza nowelizacja ustawy o kontroli skarbowej (Dz.U. nr 76, poz. 492) mają na celu zapewnienie podatnikom większej ochrony w postępowaniu prowadzonym przez urzędy kontroli skarbowej. Dotyczy to sytuacji, w której podatnikom czekającym na decyzje o wynikach kontroli ponad pół roku nie będą naliczane odsetki od zaległości podatkowych. Odsetki nie będą naliczane w okresie od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji podatkowej. W sytuacji gdy wszczęte zostanie postępowanie egzekucyjne wierzyciel (z reguły naczelnik urzędu skarbowego) zobowiązany będzie określić w tytule wykonawczym okres wstrzymania biegu odsetek. Jeśli zaniecha dokonania takiej czynności czy też błędnie wyliczy okres wstrzymania biegu odsetek, podatnik będzie miał możliwość wniesienia zarzutu dotyczącego zaniechania dokonania tych czynności przez organ podatkowy.

Przepisu o nienaliczaniu odsetek nie będzie się stosowało w sytuacji, gdy do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel, bądź też opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. W zakresie nieuregulowanym w ustawie o kontroli skarbowej do postępowania kontrolnego stosować się będzie przepisy Ordynacji podatkowej. Zmiany wejdą w życie 1 lipca 2010 roku.