Ministerstwo Finansów na podstawie centralnego rejestru ryzyka oraz zaleceń dyrekcji ds. budżetu Komisji Europejskiej opracowało strategiczny plan kontroli, w którym wskazane zostały obszary działań kontrolnych. Kontrole prowadzone będą w 15 podobszarach, które podzielono na trzy grupy ze względu na stopień ryzyka. Do grupy wysokiego ryzyka należą: wyroby tytoniowe, paliwa silnikowe, alkohol, klasyfikacja towarowa, a także wartość celna.

W 2008 roku skuteczność kontroli papierosów była dwukrotnie wyższa od skuteczności kontroli paliw, dlatego najwyższy wskaźnik minimalnego zaangażowania ustalono właśnie w podobszarze wyrobów tytoniowych.

W obszarach średniego ryzyka znalazły się: kontrola transportu drogowego, prekursory (substancje, które mogą być przetworzone na środek odurzający) i narkotyki, bezpieczeństwo produktu, fałszerstwo, dopuszczenie do obrotu z zastosowaniem uprzywilejowanego traktowania taryfowego lub obniżonej stawki celnej.

W związku z brakiem systematycznych środków kontroli przedsiębiorców, którym udzielono pozwolenia na stosowanie gospodarczych procedur celnych oraz procedury dopuszczenia do obrotu towarów z zastosowaniem zerowej lub obniżonej stawki, zostanie skierowane w dane obszary 5 proc. kontroli.