Organy podatkowe mogą zająć się co najmniej trzema istotnymi kwestiami związanymi z rozliczaniem dotacji.

Po pierwsze, jako że dotacja jest zwolniona z podatku dochodowego, koszty, które podlegają refundacji w ramach dotacji, nie stanowią kosztu uzyskania przychodu. Co ważne, chodzi tu o koszty kwalifikowane. Jeśli w ramach projektu zobowiązani jesteśmy do poniesienia kosztów niestanowiących kosztów kwalifikowanych, to będą one zaliczane do kosztów uzyskania przychodów na zasadach ogólnych.

Po drugie, wbrew obiegowej opinii, że to przecież koszty związane z generowaniem dochodu zwolnionego z opodatkowania, w większości sytuacji koszty związane z pozyskaniem dotacji, będą stanowić koszty podatkowe. Dlaczego w większości sytuacji? Bo bardzo rzadko przedsiębiorca będzie się starał o dotację dla niej samej. Najczęściej dotacje pozyskuje się po to, żeby zrealizować konkretną inwestycję, która ma generować zysk w ramach działalności gospodarczej. Trzeba zatem wiązać koszty pozyskania dotacji z długofalowym celem, jakim jest stworzenie lub wzmocnienie źródła przychodów do opodatkowania, a nie z samą kwestią uzyskania pieniędzy, od których podatku się nie płaci.

I trzecia kwestia – to ceny transferowe. Przy dotacjach na przedsięwzięcia, które będą potem funkcjonować w grupie spółek, bardzo istotne jest, jak ustawi się rozliczenia pomiędzy podmiotami powiązanymi. Najlepszym przykładem są dotacje na centra usług wspólnych – w momencie, kiedy centra powstają, zaczynają świadczyć usługi na rzecz podmiotów z grupy – powstaje pytanie, czy i jak uwzględnić w rozliczeniach wewnątrzgrupowych otrzymaną dotację. A trzeba pamiętać, że ceny transferowe to jeden z priorytetów kontroli skarbowej.