Mimo krytyki przepis ten utrzymywany był dotąd przy życiu z prostego powodu. Umożliwia on organom podatkowym nakładanie na podatników tzw. sankcji VAT, gdy w toku kontroli stwierdzą nieprawidłowości w rozliczeniach. Gdyby podatnicy mogli wykonać korektę po zakończeniu kontroli podatkowej w odniesieniu do uchybień, których nie negują, nie byłoby potrzeby prowadzenia postępowania podatkowego. Płatność ewentualnych zaległości trafiłaby szybciej do budżetu państwa - ale już bez sankcji, której wysokość organy ustalić mogą jedynie w związku z wydaniem decyzji określającej prawidłową kwotę zobowiązania lub nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

Spójrzmy jednak na art. 81b par. 3 Ordynacji podatkowej z innej strony. Bez wątpienia jest on ważny dla stosowania przepisów prawa materialnego. Pośrednio wyznacza zasady korzystania z podstawowego prawa podatnika, jakim jest uprawnienie do odliczenia podatku naliczonego. W chwili gdy zakończona jest kontrola podatkowa, podatnik teoretycznie traci prawo do skorygowania deklaracji podatkowej. Czy oznacza to, że traci też prawo do skorygowania (wykazania) podatku naliczonego?

Taki wniosek kłóciłby się z podstawowym założeniem VAT, jakim jest odliczenie podatku naliczonego związanego z działalnością gospodarczą i neutralność podatku. Ograniczenie odliczenia wynikające z przepisów blokujących korektę deklaracji (w tym także - dochodzenie zwrotu nadpłaty) stanowiłoby niedopuszczalną ingerencję w sferę konstrukcji i działania VAT. Wychodząc z takiego założenia, Wojewódzki Sąd Administracyjny w niedawnym wyroku postawił tezę, że skoro przepisy VI Dyrektywy nie ograniczają praw podatnika do korygowania deklaracji podatkowej, to takie ograniczenie wynikające z art. 81b par. 3 Ordynacji podatkowej należałoby uznać za niezgodne z prawem wspólnotowym (wyrok z 5 sierpnia 2008 r., sygn. akt I SA/Łd 149/08). To niewątpliwie daleko idący wniosek, ale jednocześnie ważny głos w dyskusji nad dostosowaniem przepisów procesowych do specyfiki regulacji VAT. Projekt nowelizacji VAT przewiduje usunięcie art. 81b par. 3 Ordynacji podatkowej. Warto jednak, aby w toku prac nowelizacyjnych zauważony został także pokrewny problem relacji między VAT a procedurą podatkową związany z wymogiem dokonywania korekt rozliczeń wstecz w sytuacji, gdy dane okresy były już przedmiotem kontroli lub decyzji podatkowej.