Naczelny Sąd Administracyjny zapytał ETS, czy zgodne z prawem UE jest odliczanie VAT z faktur wystawionych przez niezarejestrowanego podatnika.
Naczelny Sąd Administracyjny nie rozstrzygnął samodzielnie sporu w sprawie odliczania VAT z faktury wystawionej przez podatnika niezarejestrowanego dla celów VAT (sygn. akt I FSK 748/08). Uznał, że sprawą powinien najpierw zająć się Europejski Trybunał Sprawiedliwości (ETS). Sąd zapytał, czy przepisy wspólnotowe nie zabraniają wprowadzenia w prawie krajowym ograniczenia w odliczaniu VAT, gdy fakturę wystawił podatnik niezarejestrowany. Chodzi o to, czy ustawodawca krajowy może pozbawić odliczenia, gdy wystawca faktury nie zarejestrował się dla celów VAT. Jednocześnie NSA zapytał, czy na prawo do odliczenia mają wpływ takie okoliczności jak faktyczna realizacja transakcji, prawidłowe sporządzenie faktury, działanie podatnika w dobrej wierze (tj. że nie wiedział o braku rejestracji kontrahenta).
Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że kwestia odliczania z faktur wystawionych od podmiotów niezarejestrowanych na gruncie starej ustawy o VAT została przesądzona dwa tygodnie temu w uchwale. NSA w poszerzonym składzie uznał, że takie prawo nie przysługiwało. Jednak po wejściu Polski do UE sytuacja się zmieniła. Sądy administracyjne, powołując się na prawo unijne, zasadniczo przyznają podatnikom prawo do odliczenia VAT, choć zdarzają się poglądy odmienne.
Krzysztof Wilk, doradca podatkowy z Deloitte, zauważa, że polska ustawa o VAT ogranicza odliczenie podatku z faktur wystawionych przez podmiot nieuprawniony do wystawiania takich dokumentów. Jednak w jego ocenie nie ma ono zastosowania do faktur wystawionych przez podatnika, który jedynie nie dopełnił formalnego wymogu rejestracji w urzędzie skarbowym. Jego zdaniem takiego ograniczenia nie zawiera ani nie dopuszcza do wprowadzenia przez państwa członkowskie Unii Europejskiej również Dyrektywa 2006/112/EC, na której wzoruje się polska ustawa o VAT.