Podatnicy VAT prowadzący obrót z krajami Unii Europejskiej są zobowiązani do posiadania numeru identyfikacji podatkowej VAT UE. Przepisy regulujące zasady i tryb rejestracji podmiotów uczestniczących w transakcjach wewnątrzwspólnotowych w rejestrze podatników VAT UE, jak również przepisy określające zasady i tryb aktualizowania zamieszczanych w nim danych, wprowadzone zostały celem uwzględnienia szczególnych mechanizmów w zakresie opodatkowania transakcji wewnątrzwspólnowych. Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 8091) wypowiedziało się w sprawie urzędowego wykreślania podmiotów z rejestru VAT UE. Wątpliwości posłów dotyczyły wykreślania podatników z rejestru, jeśli przedsiębiorca przez ponad sześć miesięcy nie miał obrotu z krajami UE.

Jak wskazano w interpelacji powoduje to konieczność ponownej rejestracji, co w szczególności jest uciążliwe dla przedsiębiorców działających na rynkach sezonowych. W rezultacie firma mająca ponad 6-miesięczną przerwę w obrocie z UE w ciągu sezonu powinna się co roku rejestrować. W związku z tym w interpelacji zaproponowano wykreślenie przepisu art. 97 ust. 15 ustawy o VAT regulującego zasady urzędowego wykreślania podatnika z rejestru VAT UE. Zdaniem posłów fakt figurowania w ewidencji podmiotu, który czasowo lub trwale zakończył obrót z krajami UE, nie rodzi żadnego ryzyka nadużyć, zaś likwiduje uciążliwą dla przedsiębiorców konieczność wielokrotnej rejestracji.

Jak wskazało MF zgodnie z art. 97 ust. 15 ustawy o VAT (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.), w sytuacji gdy podmiot, podlegający rejestracji jako podatnik VAT UE, nie złoży za sześć kolejnych miesięcy lub dwa kolejne kwartały deklaracji podatkowej, naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu podmiot z rejestru jako podatnika VAT UE i zawiadamia go o tym. MF podkreśliło, że art. 97 ust. 15 ustawy o VAT w żadnej mierze nie stanowi podstawy do wykreślenia podatnika z rejestru VAT UE z powodu braku obrotu z krajami UE. Zgodnie z tym przepisem podatnik zostaje wykreślony z rejestru z powodu niezłożenia za sześć kolejnych miesięcy lub dwa kolejne kwartały deklaracji podatkowej dla podatku od towarów i usług, do czego jest obowiązany zgodnie z art. 99 ustawy o VAT, bez względu na to, czy wykonywał jakiekolwiek czynności podlegające opodatkowaniu, czy też nie.

MF stwierdziło, że celem regulacji zawartej w art. 97 ust. 15 jest przede wszystkim prowadzenie rejestru podatników VAT UE w sposób rzetelny i aktualny. Przepis ten umożliwia naczelnikowi urzędu skarbowego wykreślenie z rejestru podatników VAT UE podatnika, który przez okres pół roku nie wypełniał obowiązków podatkowych zawartych w art. 99 ustawy o VAT. Przepisy te zobowiązują podatnika prowadzącego działalność gospodarczą do okresowego składania deklaracji podatkowych. Dopełnienie powyższych obowiązków uchroni podatnika przed wykreśleniem z rejestru podatników VAT UE. MF zwróciło również uwagę, że wykreślenie podatnika z rejestru VAT UE nie skutkuje równoczesnym wyrejestrowaniem z ewidencji podatników VAT.