Zwrotu zapłaconego podatku od środków transportowych dokonuje organ podatkowy, na rachunek którego uiszczono podatek, na wniosek podatnika złożony nie później niż do 31 marca roku następującego po roku podatkowym. Podstawą sporządzenia wniosku są dane zawarte w dokumentach przewozowych stosowanych przy wykonywaniu przewozów w transporcie kombinowanym, w których dokonano wpisu o wykonaniu przewozu koleją.

Kwotę zwrotu ustala się, przyjmując za podstawę liczbę jazd z ładunkiem lub bez ładunku wykonanych przez środek transportu w przewozie koleją w danym roku podatkowym.

Zwrot podatku od środków transportowych następuje w gotówce albo na rachunek bankowy podatnika wskazany we wniosku, w terminie trzech miesięcy od dnia złożenia wniosku.