Wielu podatników, których wynagrodzenia są finansowane lub współfinansowane z funduszy pochodzących z Unii Europejskiej, nie ma pewności, czy powinni płacić podatek dochodowy od tej części wynagrodzenia. Niestety, przepis, który stanowi podstawę zwolnienia dla środków pochodzących z UE, jest bardzo niejasny. Początkowo organy podatkowe odmawiały prawa do zwolnienia z uwagi na sposób dystrybucji pieniędzy. Pieniądze z funduszy pomocowych trafiały do beneficjentów za pośrednictwem budżetu państwa. W tej sytuacji organy podatkowe mówiły, że pieniądze nie pochodzą bezpośrednio z UE, więc nie jest spełniony jeden z warunków zwolnienia. Sądy administracyjne uznają, że sposób dystrybucji jest nieważny. Istotne jest to, skąd pochodzą środki.

Niestety, sporna nadal pozostaje kwestia drugiego warunku, tj. kto bezpośrednio realizuje cel programu. Sprawy, które trafiły do sądów administracyjnych I instancji, doprowadziły do rozbieżności w orzecznictwie. Obecnie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym kształtuje się korzystna dla podatników linia orzecznicza, ale wyroków jest jeszcze mało. Zgodnie z jednym z najnowszych orzeczeń osoba zatrudniona na umowę o pracę w fundacji, która realizuje projekt finansowany pieniędzmi pochodzącymi z UE, korzysta ze zwolnienia w podatku dochodowym. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że pracownicy fundacji zatrudnieni na umowę o pracę bezpośrednio realizują cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. W ocenie sądu fundacja jako osoba prawna do realizacji celu musi posługiwać się kimś. Tylko gdyby fundacja zlecała wykonanie zadań pracownikom (umowy o dzieło, zlecenia itp.), nie można by zastosować zwolnienia (wyrok z 14 stycznia 2009 r., sygn. akt II FSK 1457/07, niepublikowany).

Należy jednak podkreślić, że sam korzystny wyrok sądu w innej sprawie nie gwarantuje zwrotu zapłaconego podatku. Podatnik będzie musiał wejść w spór z fiskusem, a potem skierować sprawę do sądu.

Korekta zeznania

Osoby, które zapłaciły podatek, mogą dokonać korekty zeznania. Zgodnie z przepisami korekta następuje przez złożenie korygującej deklaracji wraz z dołączonym pisemnym uzasadnieniem przyczyn korekty. W praktyce oznacza to, że podatnik musi jeszcze raz wypełnić formularz zeznania rocznego. Jako cel złożenia zeznania wybiera kwadrat odnoszący się do korekty. Następnie musi odjąć kwotę wynagrodzenia, która podlegała zwolnieniu, i jeszcze raz wypełnić zeznanie. W uzasadnieniu należy wskazać, dlaczego zeznanie roczne zostało poprawione. Jeżeli organ podatkowy nie uwzględni korekty, podatnikowi przysługuje prawo do złożenia odwołania. Odwołanie wnosi się w terminie 14 dni od otrzymania decyzji. Gdyby również odwołanie nie okazało się skuteczne, podatnikowi przysługuje prawo do złożenia skargi do sądu. Skargę do sądu administracyjnego I instancji wnosi się za pośrednictwem organu w terminie 30 dni od doręczenia decyzji odwoławczej.