Organ podatkowy poniesie konsekwencje nieterminowego zwrotu VAT. Jeśli podatek jest zwracany po terminie, podatnik otrzyma odsetki.
Podmioty zagraniczne, podobnie jak polskie, powinny otrzymać odsetki w przypadku, gdy otrzymają zwrot VAT po terminie. W ostatnim czasie korzystne wyroki WSA w Warszawie dotyczące odsetek od nieterminowego zwrotu VAT zapadły 4 marca (sygn. akt III SA/Wa 1952/10) oraz 19 stycznia 2011 r. (sygn. akt III SA/Wa 894/10). Oba wyroki są nieprawomocne, jednak linię orzeczniczą warszawskiego sądu potwierdził również NSA (wyrok z 12 stycznia 2011 r., sygn. akt I FSK 176/10, prawomocny).
Sądy podkreślają, że w art. 87 ust. 7 ustawy o VAT (Dz.U. z 2004 r. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) przyjęto rozwiązanie, że w razie niedotrzymania terminów zwrotu podatku różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy traktuje się jako nadpłatę podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej. Dotyczy to zarówno podmiotów polskich, jak i zagranicznych. Wyroki te dotyczą stanów faktycznych sprzed nowelizacji ustawy o VAT, która weszła w życie 1 stycznia 2010 r. Dla podatników, którzy mają siedzibę w innym kraju UE, oznacza to, że mogą domagać się odsetek, nawet jeśli wystąpili o zwrot odsetek sprzed 2010 roku. Obecnie sytuacja podmiotów z UE i polskich jest jednakowa.