W systemie VAT faktura jest dokumentem, który pozwala w sprawny sposób na kontrolę prawidłowości rozliczeń – zarówno po stronie sprzedawcy, jak i nabywcy. Zgodnie z ustawą z 11 marca 2004 r. o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) oraz unijną dyrektywą VAT posiadanie (otrzymanie) faktury przez podatnika jest warunkiem koniecznym powstania prawa do odliczenia podatku naliczonego. W praktyce powstaje pytanie, co, jeżeli podatnik faktury posiadał, ale na skutek zdarzeń niezależnych od niego – takich jak np. pożar lub kradzież – je utracił.
Warto zwrócić uwagę, że zgodnie z art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a) ustawy o VAT kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika. Przepis ten mówi o „fakturach otrzymanych”, a nie „posiadanych”. Konieczne jest zatem otrzymanie faktury, aby skorzystać z prawa do odliczenia, a nie ich posiadanie później w trakcie ewentualnej kontroli. Takie same wnioski płyną z wykładni dyrektywy VAT. Podatnik, gdy wykonuje swoje prawo do odliczenia, musi posiadać fakturę. Jednak czym innym jest późniejsze dowodzenie, że podatnik spełnił przesłanki odliczenia. Dlatego w trakcie ewentualnej kontroli wystarczyć powinno ustalenie, czy podatnik posiadał fakturę w momencie wykonywania swojego prawa. Wnioski te zostały potwierdzone przez Trybunał Sprawiedliwości UE w orzeczeniu w sprawie C-85/95 Reisdorf.

Zdaniem NSA podatnik ma obowiązek przechowywać faktury, które były podstawą odliczenia VAT

Biorąc powyższe pod uwagę, jak również przepisy ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749), należy uznać, że organy podatkowe powinny podjąć kroki w celu wyjaśnienia, czy podatnik faktury posiadał w momencie skorzystania z odliczenia. Podatnikowi nie można odmawiać „utrzymania” prawa do odliczenia podatku tylko z tego powodu, że faktury (lub duplikatu) nie posiada w trakcie kontroli.
Niestety Naczelny Sąd Administracyjny jest odmiennego zdania, o czym świadczy wyrok z 6 lipca 2012 r. (sygn. akt I FSK 1042/11) w sprawie, w której podatnik faktury otrzymał, które następnie zostały mu skradzione. Podobnie NSA orzekał już w jednym z wcześniejszych wyroków (z 5 listopada 2010 r.; sygn. akt I FSK 1566/09) w odniesieniu do faktur, które spłonęły w pożarze. To podatnik – zdaniem NSA – ma obowiązek przechowywać faktury, a w przypadku ich braku, zdobyć duplikaty. Organ nie jest obowiązany do dowodzenia faktów dających podstawy do odliczenia podatku.
Takie stanowisko nie jest jednak przekonujące, gdyż nie rozstrzyga istoty rzeczy. W praktyce jednak, biorąc pod uwagę orzecznictwo NSA, wydaje się, że podatnik nie ma wyboru – w razie utraty faktur konieczne będzie gromadzenie ich duplikatów.
Paweł Mikuła, doradca podatkowy, starszy konsultant w dziale doradztwa podatkowego Deloitte w Katowicach