VAT zapłacony przy zakupach dotyczących projektu współfinansowanego ze środków unijnych może być zwrócony, jednak zależy to m.in. od rodzaju działalności organizacji i charakteru nabytego towaru czy usługi.
Fundacja jest formą organizacji pozarządowej. Co do zasady, powołuje się ją do realizacji zadań społecznie lub gospodarczo użytecznych, zgodnych z podstawowymi interesami państwa (przykładowo może to dotyczyć: ochrony zdrowia, rozwoju gospodarki i nauki, oświaty i wychowania, kultury i sztuki, opieki i pomocy społecznej, ochrony środowiska czy opieki nad zabytkami). Należy jednak zaznaczyć, że fundacje mają również możliwość prowadzenia działalności gospodarczej, która pozwala im zdobywać środki na realizację zadań statutowych.
Z uwagi na charakter fundacji, jej działania bardzo często współfinansowane są ze środków unijnych. W sytuacji gdy finansuje ona w ten sposób zakup towarów i usług na potrzeby konkretnego projektu, może pojawić się wątpliwość, czy kwota związanego z tymi zakupami VAT (podatek naliczony) może być uznana za koszt kwalifikowany i tym samym podlegać zwrotowi w ramach funduszy unijnych. Odpowiedź na to pytanie wymaga za każdym razem analizy sytuacji danej fundacji. Sama deklaracja w zakresie możliwości odliczenia VAT składana jest przez beneficjentów już na etapie wniosku o dofinansowanie. Są oni również zobligowani do informowania o każdej zmianie w tym zakresie.