VAT zapłacony przy zakupach dotyczących projektu współfinansowanego ze środków unijnych może być zwrócony, jednak zależy to m.in. od rodzaju działalności organizacji i charakteru nabytego towaru czy usługi.
Fundacja jest formą organizacji pozarządowej. Co do zasady, powołuje się ją do realizacji zadań społecznie lub gospodarczo użytecznych, zgodnych z podstawowymi interesami państwa (przykładowo może to dotyczyć: ochrony zdrowia, rozwoju gospodarki i nauki, oświaty i wychowania, kultury i sztuki, opieki i pomocy społecznej, ochrony środowiska czy opieki nad zabytkami). Należy jednak zaznaczyć, że fundacje mają również możliwość prowadzenia działalności gospodarczej, która pozwala im zdobywać środki na realizację zadań statutowych.
Z uwagi na charakter fundacji, jej działania bardzo często współfinansowane są ze środków unijnych. W sytuacji gdy finansuje ona w ten sposób zakup towarów i usług na potrzeby konkretnego projektu, może pojawić się wątpliwość, czy kwota związanego z tymi zakupami VAT (podatek naliczony) może być uznana za koszt kwalifikowany i tym samym podlegać zwrotowi w ramach funduszy unijnych. Odpowiedź na to pytanie wymaga za każdym razem analizy sytuacji danej fundacji. Sama deklaracja w zakresie możliwości odliczenia VAT składana jest przez beneficjentów już na etapie wniosku o dofinansowanie. Są oni również zobligowani do informowania o każdej zmianie w tym zakresie.
Możliwość uznania podatku VAT za koszt kwalifikowany wystąpi tylko wtedy, gdy fundacja nie może go odliczyć i wynika to z obiektywnych powodów (z przepisów podatkowych). W sytuacji gdy nie odliczyła podatku, ale miała taką możliwość (z której jednak nie skorzystała), VAT nie może być traktowany jako koszt kwalifikowany. Pamiętajmy, że w obrocie gospodarczym podatnicy co do zasady mają możliwość odliczania podatku naliczonego.
Kilka przykładów, gdy mamy do czynienia z brakiem prawa do odliczenia i można uznać VAT za koszt kwalifikowany:
● fundacja nie jest w ogóle podatnikiem VAT – taka sytuacja może mieć miejsce wówczas, gdy wykonuje ona wyłącznie zadania statutowe w sposób nieodpłatny lub skorzystała ze zwolnienia dotyczącego podmiotów, których roczny obrót nie przekracza 150 tys. zł, i w związku z tym nie ma obowiązku rejestracji na potrzeby rozliczania VAT (przy czym ten ostatni przypadek wymaga za każdym razem szczegółowej analizy z uwagi na brak precyzyjnych regulacji);
● fundacja jest podatnikiem VAT, ale zakup, w ramach którego zapłacono podatek, związany jest z czynnościami zwolnionymi lub nieobjętymi VAT – chodzi o przypadki, gdy zakupy dokonane w związku z realizacją projektu nie są wykorzystywane przez fundację do wykonywania czynności opodatkowanych VAT (tj. generujących dla niej podatek należny). Miałoby to przykładowo miejsce, gdy zakupy związane są z następującymi typami działalności: udzielanie pożyczek, usługi w zakresie edukacji, naukowo-badawcze, ochrony zdrowia i pomocy społecznej (stanowisko takie zostało potwierdzone w interpretacji indywidualnej z 28 kwietnia 2011 r. wydanej przez dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach – sygn. IBPP4/443-136/11/EJ). Jeśli zakup byłby częściowo związany z czynnościami zwolnionymi/nieobjętymi VAT, a częściowo z czynnościami opodatkowanymi, wtedy kwota podatku, który można uznać za kwalifikowany, musiałaby być obliczona proporcjonalnie. Problematyczne może być tutaj w niektórych przypadkach dokonanie takiego wydzielania oraz późniejsze monitorowanie zmian tej proporcji;
● fundacja jest podatnikiem VAT, zakup związany jest z czynnościami opodatkowanymi, ale ograniczenie w odliczaniu podatku wynika z ustawy – chodzi tutaj o sytuacje enumeratywnie wymienione w przepisach (głównie w art. 88 ustawy o VAT), gdy charakter nabywanych towarów/usług uniemożliwia odliczenie VAT – np. zakup paliwa, samochodów osobowych (częściowy brak odliczenia), usług noclegowych i gastronomicznych, zakupy udokumentowane fakturą VAT, gdy transakcja taka nie podlega opodatkowaniu lub jest z podatku zwolniona.
Uznanie kwoty VAT za koszt podlegający zwrotowi w ramach funduszy unijnych wymaga więc ustalenia, jaką dokładnie działalność prowadzi dana fundacja, czy jest lub powinna być zarejestrowana na potrzeby rozliczania podatku od towarów i usług oraz jakich zakupów dokonuje – a także w związku z jaką działalnością. Należy również wskazać, że kwalifikacja VAT może się zmieniać w czasie (np. z uwagi na zmianę sposobu wykorzystywania majątku sfinansowanego środkami unijnymi, zmianę zakresu lub profilu działalności fundacji, czy zmianę przepisów podatkowych w zakresie stosowania zwolnień). Monitoring taki musi więc być dokonywany cały czas w trakcie trwania danego projektu.

Sławomir Patejuk, DPPA Tax