Podatnik, u którego różnica między wartością podatku VAT należnego i naliczonego jest ujemna, może otrzymać zwrot środków na konto. Występując o zwrot, powinien jednak uzbroić się w cierpliwość – długie okresy przewidziane przez ustawę i kontrola, która niechybnie zostanie wszczęta, mogą sprawić, że na pieniądze trzeba będzie poczekać nawet kilka miesięcy dłużej niż przewiduje to ustawa, a w skrajnych przypadkach nawet kilka lat.

Jedną z podstawowych zasad podatku VAT jest jego neutralność dla przedsiębiorców. Jest ona realizowana przez obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług. Jeśli jednak kwota podatku naliczonego w danym okresie jest wyższa, pojawia się możliwość dochodzenia zwrotu nadwyżki na konto. Wniosek o zwrot VAT co do zasady składa się razem z deklaracją za dany okres rozliczeniowy – taka jest też powszechna praktyka. Możliwe jest także przeniesienie kwoty zwrotu na kolejne okresy.
O zwrot podatku występują m.in. przedsiębiorcy, którzy dokonują w Polsce zakupów, jednak swoje towary i usługi sprzedają głównie lub tylko na rzecz zagranicznych kontrahentów. Zagadnienie dotyczy także innych podatników, których sprzedaż jest rozliczana przy zastosowaniu mechanizmu odwrotnego obciążenia – w takim przypadku sprzedawca nie wykazuje podatku należnego, gdyż rozlicza się z kontrahentem w wartościach netto, a obowiązek rozliczenia VAT zostaje przeniesiony na nabywcę. Po stronie sprzedawcy pozostaje jednak prawo zwrotu zapłaconego podatku.

Procedurę zwrotu VAT reguluje art. 87 ustawy o VAT. Zgodnie z nim środki powinny zostać wypłacone w ciągu 60 dni od złożenia deklaracji. To termin podstawowy, z którego korzysta największa liczba podatników. Jest to przy tym jeden z najdłuższych terminów przewidzianych dla tej procedury w Unii Europejskiej, a i tak, jeśli przedsiębiorca odzyska środki w tym terminie, będzie mógł mówić o dużym szczęściu. Dłuższy, bo 180-dniowy okres przepisy przewidują dla podatników, którzy w okresie rozliczeniowym dokonywali w Polsce jedynie zakupów, a wszystkie dostawy towarów lub świadczone przez nich usługi miały miejsce poza terytorium kraju. Ustawa przewiduje w niektórych przypadkach także krótszy termin – 25 dni, jednak ze względu na konieczność spełnienia szeregu przesłanek, dotyczy on coraz mniejszej liczby podmiotów. Inne zasady obowiązują przedsiębiorców zagranicznych, którzy na zwrot muszą czekać do 4 miesięcy lub – gdy organy podatkowe wymagają udzielenia dodatkowych informacji – nawet do 8 miesięcy.