Po pierwsze, protokół usuwa z treści wspomnianej umowy klauzulę tax sparing, polegającą na automatycznym zaliczaniu 10-proc. podatku cypryjskiego na poczet podatku należnego w Polsce od dywidend i odsetek oraz 5 proc. w odniesieniu do należności licencyjnych – wypłacanych przez spółki cypryjskie – nawet w sytuacji, gdy taki podatek faktycznie nie był na Cyprze pobierany. W konsekwencji stosowania w dotychczasowej regulacji od należnego w Polsce podatku dochodowego od dochodu z tytułu cypryjskich dywidend, obliczanego według stawki 19 proc., odejmowano teoretyczny podatek cypryjski w wysokości 10 proc., tym samym redukując efektywną stawkę podatkową do zaledwie 9 proc. dochodu.

Po drugie, protokół radykalnie zmienia regulacje dotyczące wynagrodzenia dyrektorów, czyli członków zarządów spółek. Dotychczasowe przepisy pozwalały na opodatkowanie dochodu z tego tytułu w państwie, gdzie był on uzyskiwany, czyli w państwie źródła – w przypadku członków zarządów spółek cypryjskich będących polskimi rezydentami oznaczało to teoretyczne opodatkowanie na Cyprze. Jednocześnie, zgodnie z regulacjami dotyczącymi metody unikania podwójnego opodatkowania, Polska zwalniała taki dochód od opodatkowania. W konsekwencji, wobec braku opodatkowania na Cyprze dochodu z tytułu wykonywania funkcji poza terytorium Cypru – dochód taki faktycznie nie był opodatkowany ani w Polsce, ani na Cyprze. Protokół wprowadza w tym zakresie zasadę wyłącznego opodatkowania takiego dochodu w państwie zamieszkania lub siedziby osoby pełniącej funkcję dyrektora spółki cypryjskiej.

Zmiany wprowadzone protokołem wyeliminują niektóre instrumenty optymalizacji podatkowej, lecz Cypr nadal pozostanie najbardziej popularną w Polsce jurysdykcją typu off-shore.