Do najważniejszych zmian w zakresie CIT należy zaliczyć zwolnienie od podatku zagranicznych funduszy inwestycyjnych i emerytalnych. Obecnie takie zwolnienie przysługuje tylko polskim funduszom inwestycyjnym i emerytalnym działającym odpowiednio na podstawie przepisów ustawy o funduszach inwestycyjnych oraz przepisów o organizacji i funkcjonowaniu funduszy emerytalnych. Decyzja o zmianie tych przepisów została wymuszona przez Komisję Europejską, gdyż obecne zwolnienie dyskryminuje fundusze z innych państw członkowskich, a w rezultacie narusza podstawową traktatową zasadę swobody przepływu kapitału. Po zmianach zwolnienie będzie obejmować również fundusze z innych krajów UE i EOG. Zagraniczne fundusze, aby mogły korzystać ze zwolnienia od CIT, muszą prowadzić działalność na zasadach analogicznych do działalności prowadzonej przez polskie fundusze. Ustawodawca wymienia warunki, jakie powinien spełnić zagraniczny fundusz, aby korzystać ze zwolnienia, m.in. wyłącznym przedmiotem działalności zagranicznego funduszu powinno być prowadzenie działalności w zakresie zbiorowego lokowania środków pieniężnych zebranych w drodze publicznego oraz niepublicznego proponowania nabycia ich tytułów uczestnictwa w papiery wartościowe, instrumenty rynku pieniężnego i inne prawa majątkowe.

Drugą istotną zmianą jest doprecyzowanie zasady opodatkowania dochodów uzyskiwanych przez podatników z tytułu udziału w spółkach niebędących osobami prawnymi. Zmiany te dotyczą w szczególności sposobu opodatkowania wspólników w przypadku likwidacji spółki osobowej i wystąpienia wspólnika z takiej spółki. Zmierzają one do wyeliminowania ryzyka podwójnego opodatkowania dochodów wspólnika. Aby osiągnąć ten cel, przewidziano m.in. zasadę, że w przypadku likwidacji otrzymane środki pieniężne nie będą stanowiły przychodu. Składniki majątkowe otrzymane w wyniku likwidacji będą natomiast stanowiły przychód dopiero w momencie ich zbycia.