Proces łączenia spółek, dokonywany w trybie art. 429 par. 1 pkt 1 kodeksu spółek handlowych, wiąże się z ponoszeniem kosztów zarówno przez spółkę przejmującą, jak i przez spółki przejmowane. Wątpliwość dotyczy możliwości uznania za koszt uzyskania przychodów wydatków ponoszonych przez spółki przejmowane, skoro faktycznie wiążą się one z zakończeniem bytu prawnego tych spółek.

W sprawie dotyczącej konsolidacji spółek z sektora energetycznego spółki łączące się wskazały na związek poniesionych wydatków spółki przejmowanej z przychodami uzyskiwanymi przez spółkę przejmującą, czyli następcę prawnego spółek przejmowanych. Argumentacja ta nie przekonała jednak ani organów podatkowych, ani sądów administracyjnych. W wyroku z 6 kwietnia 2009 r. (sygn. akt I SA/Gd 837/08) WSA w Gdańsku, popierając stanowisko organów podatkowych, wyraźnie stwierdził brak związku pomiędzy poniesionymi wydatkami a przychodami. Podkreślił, że w procesie łączenia spółki przejmowane ponoszą wydatki w celu zakończenia działalności gospodarczej. Fakt, że w związku z tymi wydatkami przychody może uzyskać następca prawny podatnika (tj. spółka przejmująca), pozostaje bez znaczenia, gdyż koszty i odpowiadające im przychody muszą być ponoszone i osiągane przez ten sam podmiot. Spółki przejmowane wykreślane są z Krajowego Rejestru Sądowego i tracą status podatnika, a więc nie mogą traktować wydatków ponoszonych podczas konsolidacji jako kosztu podatkowego.

Warto dodać, że zdaniem sądu wydatki ponoszone przez spółkę przejmującą stanowią koszt podatkowy, ponieważ można ustalić związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy wydatkami spółki na konsolidację a przychodami, jakie będzie ona osiągać w przyszłości. Z punktu widzenia prawa podatkowego korzystniejsze jest zatem, w miarę możliwości, generowanie kosztów połączenia po stronie spółki przejmującej.