Transakcje, których przedmiotem są należności licencyjne od programów komputerowych rodzą wiele wątpliwości na tle przepisów ustawy o CIT oraz umów o unikaniu podwójnego opodatkowania.
Sprzeczne są również interpretacje organów podatkowych oraz rozstrzygnięcia sądów administracyjnych. Spór toczy się o to, jak traktować opodatkowanie praw do software.