Sprzeczne są również interpretacje organów podatkowych oraz rozstrzygnięcia sądów administracyjnych. Spór toczy się o to, jak traktować opodatkowanie praw do software.

Kwalifikacja płatności

Katarzyna Judkowiak, doradca podatkowy w kancelarii Rödl&Partner, zwraca uwagę, że pojęcie należności licencyjnych nie jest uregulowane w polskim prawie. Katalog źródeł przychodów ujęty w art. 21 ust. 1 ustawy o CIT jest o wiele szerszy niż definicja należności licencyjnych zawarta w umowach o unikaniu podwójnego opodatkowania, dlatego też w pierwszej kolejności powinniśmy brać pod uwagę postanowienia konkretnej umowy. Kwestia ta nie budzi wątpliwości jedynie w odniesieniu do umów, w których w definicji należności licencyjnych prawa autorskie do programów komputerowych zostały wprost wymienione. Dotyczy to umów zawartych przez Polskę z Portugalią i Kazachstanem.

Próba zakwalifikowania oprogramowania komputerowego jako należności licencyjnej powinna być dokonywana z uwzględnieniem krajowych regulacji

Próba zakwalifikowania danej płatności jako należności licencyjnej opodatkowanej w Polsce zgodnie z postanowieniami umów o unikaniu podwójnego opodatkowania powinna być dokonywana z uwzględnieniem krajowych regulacji, które dotyczą praw własności intelektualnej.
Organy skarbowe w swoich pismach stoją na stanowisku, że należności wypłacane za korzystanie z oprogramowania komputerowego mieszczą się w definicji należności licencyjnych. Potwierdza to np. pismo Ministerstwa Finansów (nr PO 4/AK/-7222-845/96), a za nimi organy podatkowe w licznych interpretacjach (np. dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, nr IPPB5/423-81/10/PS.). Interpretacje kwalifikują należności wypłacane za użytkowanie lub prawo do użytkowania oprogramowania komputerowego jako należności licencyjne, bez względu na to, czy zostało to literalnie stwierdzone w danej umowie, czy nie, o ile nie są to transakcje, których przedmiotem jest przeniesienie całości praw autorskich bądź sprzedaż oprogramowaniakomputerowego.

Stanowisko sądów

Sądy administracyjne przyjmują odmienne wobec organów podatkowych stanowisko, zgodnie z którym jeżeli brak w definicji należności licencyjnych bezpośredniego odwołania do programów komputerowych, to prawa do software nie mogą być uznane za należności licencyjne w rozumieniu umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, a co za tym idzie powinny być traktowane jako zysk przedsiębiorstwa i podlegać opodatkowaniu wyłącznie w państwie siedziby beneficjenta płatności.
Joanna Woźniak, doradca podatkowy w PwC uważa, że Ministerstwo Finansów chcąc utrzymać prezentowane stanowisko i sposób interpretacji, powinno dążyć do renegocjacji umów o unikaniu podwójnego opodatkowania zawartych przez Polskę, w których definicja należności licencyjnych nie obejmuje wynagrodzenia za prawo do używania software.