Nawet małe przedsiębiorstwo mające udziałowca będzie miało poważne problemy ze skorzystaniem z preferencji. Wszystko przez to, że świadczenie to zacznie być zaliczane do obarczonej limitami pomocy publicznej
Obecnie ulga na badania i rozwój jest traktowana osobno z innymi formami wsparcia, w tym przede wszystkim z dotacjami na utworzenie centrów badawczo-rozwojowych oraz projektów tego typu.
Zgodnie z procedowanym obecnie w Sejmie rządowym projektem ustawy o zmianie niektórych ustaw określających warunki prowadzenia działalności innowacyjnej (druk nr 789, dalej: mała ustawa o innowacyjności; pisaliśmy o tym 19 września br., PiK, nr 181) ulga podatkowa od 1 stycznia 2017 r. będzie stanowiła element pomocy publicznej, jej wielkość powinna zostać uwzględniona w kalkulacji wielkości otrzymanej przez podatnika pomocy. W przypadku stwierdzenia, że całkowita pomoc (rozumiana jako otrzymana dotacja oraz ulga na badania i rozwój) przekracza limity maksymalnej pomocy, podatnik pozbawiony będzie możliwości pełnego jej rozliczenia, co z kolei wpłynie na zmniejszenie zachęty do podejmowania inwestycji innowacyjnych. Zwłaszcza dyskryminowani w tym zakresie będą podatnicy prowadzący prace badawczo-rozwojowe w regionach wyżej rozwiniętych, gdzie limity maksymalnej pomocy są z zasady niższe.