Chodziło o zakład opieki zdrowotnej użytkujący grunt, którego właścicielem jest powiat. ZOZ wydzierżawił nieruchomość na 15 lat jednej ze spółek. Ta zgodnie z umową miała mu płacić czynsz w wysokości 813 zł netto. Kwota była niska (odpowiadała około 1/10 stawek rynkowych), bo uwzględniono wiele nakładów i ulepszeń, jakie planowała poczynić spółka.

Zamierzała wydać na to 2 mln zł. Na taką formę rozliczeń zgodził się także właściciel nieruchomości. W tej sytuacji ZOZ zapytał dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi, czy podatek od towarów i usług powinien rozliczyć od kwoty z umowy czy od czynszu liczonego według rynkowych stawek. Zwrócił przy tym uwagę na art. 29a ustawy o VAT, z którego wynika, że podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, włącznie z dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami mającymi wpływ na cenę. Jednak – jak podkreślił – przepis ten nie powinien go dotyczyć, ponieważ nie jest on właścicielem gruntu. To powiat skorzysta na nakładach i ulepszeniach, jakich zamierza dokonać dzierżawca. Nie mogą więc być one uznane za część czynszu pobieranego przez ZOZ.
Innego zdania był dyrektor Izby Skarbowej. Zwrócił uwagę, że art. 29a ustawy odnosi się do podmiotu, który świadczy usługę, a nie tego, który jest właścicielem gruntu. Innymi słowy, zakład opieki zdrowotnej powinien rozliczyć podatek od takiego czynszu, jaki mu się należy. Nie ma przy tym znaczenia, że zaproponował jego obniżkę z tytułu nakładów i ulepszeń – podsumował dyrektor.
Interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 13 lipca 2015 r., nr IPTPP3/4512-133/15-4/BM.