Przedsiębiorcy prowadzący działalność zwolnioną z podatku dochodowego zarówno na podstawie zezwolenia strefowego, jak i decyzji o wsparciu nowej inwestycji, mogą prowadzić wspólną dla nich ewidencję przychodów i kosztów – potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w niedawnym wyroku.

Podobnie orzekały wcześniej również wojewódzkie sądy administracyjne, m.in. w Olsztynie (13 października 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 538/21), Krakowie (27 kwietnia 2021 r., I SA/Kr 1147/20) i w Łodzi (23 marca 2023 r., I SA/Łd 122/23). Wszystkie te wyroki są nieprawomocne.

Fiskus nadal upiera się, że w podobnych sytuacjach przedsiębiorcy strefowi powinni prowadzić odrębne ewidencje podatkowe. Powołuje się na treść objaśnień podatkowych ministra finansów z 6 marca 2020 r. Sądy nie zgadzają się jednak z takim podejściem. W kolejnych orzeczeniach przypominają, że to ustawa o CIT, a nie objaśnienia ministra finansów, jest źródłem prawa. W przepisach ustawy nie ma zaś jakiegokolwiek wymogu, aby przedsiębiorcy strefowi, posiadający zarówno zezwolenie na działalność w specjalnej strefie ekonomicznej, jak i decyzję o wsparciu nowej inwestycji prowadzili odrębne ewidencje.

Bez obowiązku w przepisach

Tak przebiegał również najnowszy spór, który trafił na wokandę NSA. Chodziło o spółkę zajmującą się produkcją świec i zniczy na terenie SSE. Spółka pozyskała cztery zezwolenia na prowadzenia działalności strefowej (w kwietniu 2014 r., w lipcu 2016 r., w marcu 2017 r. i w lutym 2018 r.). W lutym 2019 r. uzyskała z kolei decyzję o wsparciu nowej inwestycji.

We wniosku o interpretację indywidualną przekonywała, że powinna prowadzić wspólną ewidencję przychodów i kosztów, aby określić wysokość zwolnionego z opodatkowania dochodu z tytułu działalności gospodarczej. Podobnie jak w poprzednich wyrokach zwracała uwagę, że nie istnieje przepis, który nakazuje wyodrębnianie ewidencji, a skoro tak, to nie można domniemywać, że istnieje taki obowiązek. Nie można też wywodzić takiego obowiązku z treści objaśnień podatkowych.

Spółka uważała również, że limity dostępnej pomocy publicznej powinna rozliczać chronologicznie według kolejności przyznanych jej zwolnień. W pierwszej kolejności wyczerpałaby więc limit dostępny w ramach zezwolenia wydanego w 2014 r., a następnie, jeśli nie byłby on wystarczający do objęcia całości uzyskanego dochodu zwolnieniem, mogłaby wykorzystać limity przyznane w ramach kolejnych zwolnień, i wreszcie limit przyznany na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji. Potwierdza to treść art. 12 ust. 2 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. Dz.U. z 2023 r. poz. 91 ze zm.) oraz art. 13 ust. 6 i 7 ustawy o wsparciu nowych inwestycji (t.j. Dz.U. z 2023 r. poz. 74).

Ewidencje mają być odrębne

Z takim stanowiskiem nie zgodził się dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej. Przywołał treść wspomnianych objaśnień podatkowych ministra finansów i stwierdził, że przedsiębiorca strefowy powinien wyodrębniać w ewidencji księgowej przychody i koszty uzyskiwane na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji od przychodów i kosztów pochodzących z działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń. Dyrektor KIS dodał również, że spółka powinna sumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji z pomocą publiczną dostępną na podstawie zezwoleń na działalność w SSE. Tak ustalona suma powinna zostać uwzględniona w dostępnym limicie pomocy publicznej, co potwierdza strona 21 objaśnień ministra finansów.

…ale nie dla sądów

Po stronie spółki stanęły sądy obu instancji. WSA w Rzeszowie w wyroku z 8 października 2020 r. (I SA/Rz 340/20) przyznał, że w przepisach ustawy o CIT nie został zapisany zakaz prowadzenia wspólnej ewidencji dla przychodów i kosztów z działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i decyzji o wsparciu nowej inwestycji. Za taki przepis nie można uznać objaśnień podatkowych ministra finansów – podkreślił sąd I instancji. Przypomniał, że podobny obowiązek istnieje jedynie, gdy przedsiębiorca prowadzi działalność także poza SSE. Wynika to z par. 5 ust. 5 rozporządzenia Rady Ministrów z 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (t.j. Dz.U. z 2019 r. poz. 121 ze zm.). Wówczas działalność prowadzona na terenie strefy musi być wydzielona organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się na podstawie danych z działalności wyłącznie strefowej.

WSA przywołał też ugruntowaną linię orzeczniczą NSA, zgodnie z którą przedsiębiorcy strefowi powinni wykorzystywać limity przyznanej im pomocy publicznej chronologicznie do przyznanych im zezwoleń. Takie stanowisko sąd kasacyjny zaprezentował m.in. w wyrokach z 19 lipca 2016 r., II FSK 1849/14, z 14 września 2018 r., II FSK 2233/16, z 20 marca 2018 r., II FSK 696/16. NSA potwierdził takie stanowisko także tym razem. Sędzia Tomasz Kolanowski zgodził się, że przedsiębiorcy strefowi mogą prowadzić jedną ewidencję przychodów i kosztów uzyskiwanych zarówno na podstawie zezwolenia, jak i decyzji o wsparciu nowej inwestycji. Mogą również rozliczać przyznaną im pomoc publiczną w chronologicznej kolejności przyznanych im zezwoleń.©℗

orzecznictwo