W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (art. 86 ust. 1 ustawy o VAT). Kwotę podatku naliczonego stanowi m.in. suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług (art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy o VAT). W analizowanej sprawie kwotę podatku naliczonego z tytułu czynszu stanowi kwota podatku naliczonego wynikająca z otrzymanej faktury, tj. 460 zł.
Spółce (posiadającej status podatnika VAT czynnego) nie będzie jednak przysługiwać prawo do odliczenia podatku naliczonego – z uwagi na brak związku nabytej usługi ze sprzedażą opodatkowaną. Usługi najmu (podnajmu) świadczone przez spółkę będą korzystać ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem zwolnione z VAT są usługi w zakresie wynajmowania lub wydzierżawiania nieruchomości o charakterze mieszkalnym lub części nieruchomości, na własny rachunek, wyłącznie na cele mieszkaniowe lub na rzecz społecznych agencji najmu, o których mowa w art. 22a ust. 1 ustawy z 26 października 1995 r. o niektórych formach popierania budownictwa mieszkaniowego (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 2224). Przy czym zwolnienie, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy o VAT, nie ma zastosowania do usług wymienionych w poz. 47 załącznika nr 3 do ustawy o VAT, tj. usług związanych z zakwaterowaniem – 55 PKWiU (art. 43 ust. 20 ustawy o VAT).