Chodziło o spółkę, która złożyła wniosek o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w wysokości 4 tys. zł na konto, w terminie 60 dni. Naczelnik urzędu skarbowego chciał sprawdzić, czy wszystko zgadza się w deklaracji VAT. Wystąpił więc do podatnika, w trybie czynności sprawdzających, o dokumenty źródłowe. Spółka odmówiła, bo jak tłumaczyła, nie może przedłożyć dokumentów źródłowych, może jedynie okazać je w miejscu przechowywania, czyli w kancelarii podatkowej.
Organ wydał decyzję i na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT odmówił zwrotu VAT. Decyzję tę podtrzymał dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie.