Chodziło o art. 116 ust. 6 pkt 2, 9 i 10 ustawy o VAT. Przepisy te pozwalają kupującym produkty rolne zwiększyć kwotę podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku, będący rekompensatą dla rolników za brak możliwości odliczania przez nich VAT.

Chcąc odliczyć taki zwrot, nabywca powinien jednak zapłacić za towar w ciągu 14 dni od zakupu (albo innego terminu wynikającego z umowy).

Podatnik, który nie zapłaci rolnikowi ryczałtowemu w tym terminie, nie ma prawa odliczyć zwrotu podatku – stwierdził dyrektor bydgoskiej izby w dwóch interpretacjach. Podkreślił, że Polska miała prawo wprowadzić taki wymóg i że nie narusza to art. 303 dyrektywy VAT.

Stanowisko bydgoskiego organu jest sprzeczne z wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 10 września 2014 r. (sygn. akt I SA/Bd 769/14). Sąd orzekł w nim, że spóźniona zapłata nie może pozbawiać kupującego prawa do odliczenia zryczałtowanego zwrotu. W przeciwnym razie jego ekonomiczny ciężar zostałby przerzucony na nabywcę – stwierdził sąd.

Podobnie orzekł NSA w wyroku z 9 maja 2013 r. (sygn. akt I FSK 709/13). Stwierdził, że wprawdzie art. 116 ust. 6 pkt 2 miał nakłonić do szybszego płacenia za produkty rolne, ale nie poprzez ograniczanie prawa do odliczania podatku przez ich kontrahentów. To naruszałoby bowiem zasadę neutralności VAT.

Zdaniem sądów spóźnialskich można karać w inny sposób, np. sankcjami administracyjnymi albo odsetkami karnymi za spóźnienie. Zwrócił na to uwagę Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku z 15 stycznia 2009 r. (sygn. C-502/07).

Interpretacje dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 16 października 2014 r. (nr ITPP1/443-885/14/DM) i z 20 października 2014 r. (nr ITPP1/443-864/14/KM)