Zgodził się ze spółką, że tak jest w sytuacji, gdy można bezpośrednio przypisać nadwyżki i niedobory do działalności strefowej. Inaczej jest, gdy nie da się tego zrobić. Wówczas nadwyżki i niedobory inwentaryzacyjne stanowią odpowiednio przychód wspólny (podlegający w całości opodatkowaniu CIT) lub koszt wspólny, który jest przypisany do wyniku z działalności strefowej i działalności pozastrefowej (za pomocą przychodowego klucza alokacji, o którym mowa w art. 15 ust. 2 ustawy o CIT.
Dyrektor KIS nie zgodził się natomiast ze spółką co do możliwości zastosowania metody per saldo, polegającej na wcześniejszym skompensowaniu ogółu ustalonych niedoborów i nadwyżek. Metoda ta oznaczałaby, że przychodem wspólnym lub odpowiednio – kosztem wspólnym byłaby wyłącznie „nieskompensowana” część.