Kwestia ta może budzić wątpliwości, czego przykładem jest spór między osobą, która wystąpiła z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości, a organem, który wydał decyzję po upływie dwóch miesięcy. Spór dotyczył braku w decyzji stwierdzającej nadpłatę postanowienia w przedmiocie oprocentowania. Organ stwierdził, że leżący po jego stronie obowiązek wypłaty odsetek wynika z przepisu i nie wymaga decyzji. Niewypowiedzenie się w tej kwestii nie stanowi więc naruszenia prawa i nie można też uznać, że jest rozstrzygnięciem częściowym.
WSA w Gdańsku w wyroku z 16 maja 2012 r. (sygn. akt I SA/Gd 200/12) uznał, że organ podatkowy powinien w decyzji stwierdzającej nadpłatę orzec o jej oprocentowaniu, mimo że w momencie jej wydawania nie był w stanie ustalić konkretnej kwoty odsetek. Sąd zauważył, że wypowiedzenie się zarówno co do zwrotu nadpłaty, jak i w kwestii jej oprocentowania jest orzeczeniem co do istoty sprawy. Nie jest zatem prawidłowe, gdy organ podatkowy nie postanowi w kwestii oprocentowania w odrębnej decyzji lub w tej dotyczącej zwrotu nadpłaty.
WSA zauważył, że tego rodzaju praktyka utrudnia późniejszą weryfikację kwot stanowiących nadpłatę i jej oprocentowanie, m.in. w kontekście zaliczenia na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Sąd uznał, że jeżeli w decyzji nie ma stwierdzenia, że nadpłata zostanie zwrócona wraz z oprocentowaniem, wówczas podatnik ma prawo domagać się uzupełnienia decyzji jako niezałatwiającej w całości sprawy administracyjnej.
Wyrok należy uznać za korzystny dla podatników. Przyjęcie odmiennego poglądu mogłoby pozbawić osoby możliwości ewentualnego zaskarżenia stanowiska organów co do podstaw (lub też ich braku) przyznania oprocentowania nadpłaty.